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万見
- PDB-5cmt: Fic protein from Neisseria meningitidis (NmFic) mutant E156R Y183... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cmt
タイトルFic protein from Neisseria meningitidis (NmFic) mutant E156R Y183F in dimeric form
要素Adenosine monophosphate-protein transferase NmFic
キーワードTRANSFERASE / Fic protein / AMP-transferase / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein adenylyltransferase NmFic
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Stanger, F.V. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Intrinsic regulation of FIC-domain AMP-transferases by oligomerization and automodification.
著者: Stanger, F.V. / Burmann, B.M. / Harms, A. / Aragao, H. / Mazur, A. / Sharpe, T. / Dehio, C. / Hiller, S. / Schirmer, T.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine monophosphate-protein transferase NmFic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4266
ポリマ－22,1351
非ポリマー2915
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.375, 50.697, 129.778
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

CL

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要素

#1: タンパク質 Adenosine monophosphate-protein transferase NmFic / AMPylator NmFic


分子量: 22135.230 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-191 / 変異: E156R Y183F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: NMB0255 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7DDR9, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: batch mode / pH: 7.8 / 詳細: 10 mM Tris pH 7.8, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→47.22 Å / Num. obs: 126436 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 23.4 / Num. measured all: 805863 / Scaling rejects: 135
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
0.99-1.016.40.633654257290.7830.25489.6
5.42-47.2260.01675.255549240.9920.00898.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation0.99 Å35.38 Å
Translation6.17 Å35.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
Aimless0.5.9データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CKL

5ckl


解像度: 0.99→47.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1479 / WRfactor Rwork: 0.1273 / FOM work R set: 0.9139 / SU B: 0.595 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.0186 / SU Rfree: 0.0199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1553 6297 5 %RANDOM
Rwork0.1343 ---
obs0.1354 120051 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.39 Å2 / Biso mean: 11.055 Å2 / Biso min: 4.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.99→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 12 248 1748
Biso mean--22.02 23.13 -
残基数----180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0191705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0881.952313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05333738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5485215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95923.85496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84815322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3561517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4580.802809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2270.799808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6591.211041
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.32233330
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.102522
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.71753511
LS精密化 シェル解像度: 0.99→1.016 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 446 -
Rwork0.201 8188 -
all-8634 -
obs--89.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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