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万見
- PDB-2gf9: Crystal structure of human RAB3D in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gf9
タイトルCrystal structure of human RAB3D in complex with GDP
要素Ras-related protein Rab-3D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / G-PROTEIN / RAB / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of regulated secretory pathway / secretory vesicle / zymogen granule / GTP-dependent protein binding / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / azurophil granule membrane / cytoplasmic microtubule / exocytosis / protein secretion ...positive regulation of regulated secretory pathway / secretory vesicle / zymogen granule / GTP-dependent protein binding / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / azurophil granule membrane / cytoplasmic microtubule / exocytosis / protein secretion / bone resorption / synaptic vesicle / endosome / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rab3 / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain ...Rab3 / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-3D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Hong, B. / Wang, J. / Shen, L. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Hong, B. / Wang, J. / Shen, L. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human RAB3D in complex with GDP
著者: Hong, B. / Wang, J. / Shen, L. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ACCORDING TO AUTHORS, THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS NOT KNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-3D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1415
ポリマ－21,6731
非ポリマー4684
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.700, 63.222, 67.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-3D


分子量: 21673.424 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 20-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3D, GOV, RAB16 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE-3)-RIL / 参照: UniProt: O95716
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG8000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→28.25 Å / Num. obs: 21079 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Χ2: 1.56 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2
1.53-1.58281.80.0566590.731
1.58-1.6565.52.90.05615380.88
1.65-1.7288.74.20.05520711.114
1.72-1.8199.870.05223481.251
1.81-1.931008.50.04823511.392
1.93-2.081008.60.04223761.512
2.08-2.291008.70.0423571.652
2.29-2.621008.80.03724081.694
2.62-3.291008.80.03424351.803
3.29-3099.18.50.0325361.805

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.25 Å
Translation2.5 Å28.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3RAB

3rab


解像度: 1.53→28.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.194 / WRfactor Rwork: 0.164 / SU B: 1.03 / SU ML: 0.04 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/WARP WAS ALSO USED FOR STRUCTURE REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1854 1069 5.082 %random
Rwork0.1533 ---
all0.155 ---
obs-21035 88.349 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 8.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.293 Å20 Å20 Å2
2--0.166 Å20 Å2
3---0.127 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→28.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1438 0 31 184 1653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9672041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87432443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3825183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99223.86775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.21315256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5151511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3330.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7562961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4542362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.41831429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1832698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2513608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
1.53-1.570.192240.2143500.212173921.507
1.57-1.6130.196490.188750.181168554.837
1.613-1.6590.213640.15811240.161162173.288
1.659-1.710.213660.14513520.148160188.57
1.71-1.7660.178820.14214500.143154499.223
1.766-1.8280.161690.1414350.1411504100
1.828-1.8970.194710.14413710.1461442100
1.897-1.9740.22880.14513180.151406100
1.974-2.0610.193670.14112550.1431322100
2.061-2.1610.164600.14212240.1431284100
2.161-2.2780.173560.1411740.141123199.919
2.278-2.4150.169670.1410980.141116699.914
2.415-2.580.165540.14910520.1491106100
2.58-2.7850.153690.1669520.1651021100
2.785-3.0490.193370.1659110.166948100
3.049-3.4040.192460.1568250.158871100
3.404-3.9220.168270.1517510.15177999.872
3.922-4.7830.232310.1446350.147666100
4.783-6.680.158300.1985070.19653899.814
6.68-300.297120.2223070.22533595.224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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