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- PDB-6bje: Crystal Structure of Lysophospholipase A2 Conjugated with Phenylm... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bje | ||||||
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Title | Crystal Structure of Lysophospholipase A2 Conjugated with Phenylmethylsulfonyl Fluoride | ||||||
![]() | Acyl-protein thioesterase 2 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Lysophospholipases / PMSF / inhibitor / complex | ||||||
Function / homology | ![]() prostaglandin catabolic process / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / acylglycerol catabolic process / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / L1CAM interactions / lysophospholipase activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Thioester hydrolases / Golgi stack / carboxylic ester hydrolase activity ...prostaglandin catabolic process / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / acylglycerol catabolic process / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / L1CAM interactions / lysophospholipase activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Thioester hydrolases / Golgi stack / carboxylic ester hydrolase activity / fatty acid metabolic process / axon guidance / cadherin binding / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Lysophospholipases cooperate to mediate lipid homeostasis and lysophospholipid signaling. Authors: Wepy, J.A. / Galligan, J.J. / Kingsley, P.J. / Xu, S. / Goodman, M.C. / Tallman, K.A. / Rouzer, C.A. / Marnett, L.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 173.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 146.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 457 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 462.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23843.840 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O95372, Hydrolases; Acting on ester bonds; Thioester hydrolases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M NaCitric pH 5.6, 15% PEG-3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.66→139.81 Å / Num. obs: 12993 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 12 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.7→69.905 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / Phase error: 26.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→69.905 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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