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Yorodumi- PDB-6bje: Crystal Structure of Lysophospholipase A2 Conjugated with Phenylm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bje | ||||||
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Title | Crystal Structure of Lysophospholipase A2 Conjugated with Phenylmethylsulfonyl Fluoride | ||||||
Components | Acyl-protein thioesterase 2 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Lysophospholipases / PMSF / inhibitor / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information prostaglandin catabolic process / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / acylglycerol catabolic process / L1CAM interactions / lysophospholipase activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Thioester hydrolases / Golgi stack / carboxylic ester hydrolase activity ...prostaglandin catabolic process / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / acylglycerol catabolic process / L1CAM interactions / lysophospholipase activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Thioester hydrolases / Golgi stack / carboxylic ester hydrolase activity / fatty acid metabolic process / axon guidance / cadherin binding / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Xu, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Lipid Res. / Year: 2019 Title: Lysophospholipases cooperate to mediate lipid homeostasis and lysophospholipid signaling. Authors: Wepy, J.A. / Galligan, J.J. / Kingsley, P.J. / Xu, S. / Goodman, M.C. / Tallman, K.A. / Rouzer, C.A. / Marnett, L.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bje.cif.gz | 173.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bje.ent.gz | 146.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bje.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bje | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23843.840 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LYPLA2, APT2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): rosetta 2 (DE3) References: UniProt: O95372, Hydrolases; Acting on ester bonds; Thioester hydrolases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M NaCitric pH 5.6, 15% PEG-3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.66→139.81 Å / Num. obs: 12993 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 12 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.7→69.905 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / Phase error: 26.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→69.905 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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