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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fto | ||||||
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タイトル | Y94F mutant of thymidylate synthase bound to thymidine-5'-phosphate and 10-propargyl-5,8-dideazafolid acid | ||||||
要素 | Thymidylate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / Started with coordinates from isomorphous structure 1TSN / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Roberts, S.A. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006 タイトル: Structure of the Y94F mutant of Escherichia coli thymidylate synthase. 著者: Roberts, S.A. / Hyatt, D.C. / Honts, J.E. / Changchien, L. / Maley, G.F. / Maley, F. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fto.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fto.ent.gz | 53.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fto.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2fto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2fto | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. There is a monomer in the asymmetric unit. The second monomer can be generated using the symmetry operation x-y,-y,2/3-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30543.666 Da / 分子数: 1 / 変異: Y94F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thyA / プラスミド: BLUSCRIPT SK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xac25 Thy / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TMP / | #4: 化合物 | ChemComp-CB3 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年6月17日 / 詳細: graphite monochromator |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 24431 / Num. obs: 24431 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.069 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Started with coordinates from isomorphous structure 1TSN 解像度: 2→8.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.94 / SU ML: 0.083 / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.703 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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