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- PDB-2ftn: E. coli thymidylate synthase Y94F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ftn
タイトルE. coli thymidylate synthase Y94F mutant
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Started with coordinates from isomorphous structure IAJM / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Montfort, W.R. / Roberts, S.A.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006
タイトル: Structure of the Y94F mutant of Escherichia coli thymidylate synthase.
著者: Roberts, S.A. / Hyatt, D.C. / Honts, J.E. / Changchien, L. / Maley, G.F. / Maley, F. / Montfort, W.R.
履歴
登録2006年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3129
ポリマ－30,5441
非ポリマー7698
水3,153175
1
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,62418
ポリマ－61,0872
非ポリマー1,53716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-x,-y+1/2,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.171, 131.171, 131.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
詳細The biological assembly is a dimer. There is one monomer in the asymetric unit. To generate the second monomer of the dimer, apply the symmetry operation -x,1/2-y,z

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 30543.666 Da / 分子数: 1 / 変異: Y94F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thyA / プラスミド: BLUSCRIPT SK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xac25 Thy / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→11.2 Å / Num. all: 48479 / Num. obs: 48479 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4865 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Started with coordinates from isomorphous structure IAJM
解像度: 1.6→11.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.397 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AND TLS REFINEMENT PERFORMED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20359 2458 5.1 %RANDOM
Rwork0.18204 ---
obs0.18312 46021 98.16 %-
all-46021 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→11.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2152 0 40 175 2367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9583165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95933807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4015286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55523.898118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82315388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.581516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.21587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.16931788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3693544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.51862203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.56661119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8218950
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 196 -
Rwork0.167 3420 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63740.28040.11680.4979-0.28440.4530.00910.0948-0.1187-0.1019-0.0266-0.06240.03220.11120.0175-0.0269-0.01390.02180.0215-0.0068-0.011215.26129.73353.771
23.32090.54141.1056.29835.14156.11190.2089-0.00860.262-0.1226-0.15580.0442-0.0875-0.1462-0.0531-0.0311-0.06010.0132-0.03780.0561-0.05387.02450.20552.739
32.75430.5745-1.51651.09080.02061.07950.1811-0.2255-0.08760.1529-0.1857-0.225-0.0980.16270.0046-0.0417-0.0603-0.04030.03070.04110.004322.13435.29970.354
40.31850.12310.2091.8736-0.45990.66430.0489-0.0706-0.08880.1274-0.02370.0253-0.02170.0258-0.0252-0.0099-0.0497-0.0070.00080.0468-0.00877.08826.34775.862
50.93320.64430.31040.89790.4360.5540.0267-0.0926-0.01730.0675-0.04180.00050.01110.01010.0152-0.0076-0.0386-0.00880.0010.004-0.02483.60431.4468.891
616.2113-7.644-17.396331.372921.307925.89040.69210.59880.3564-0.3572-0.17160.5709-0.4145-1.519-0.5205-0.0083-0.02820.04520.01930.0267-0.07520.53152.42359.64
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION1A25 - 50
3X-RAY DIFFRACTION1A118 - 122
4X-RAY DIFFRACTION1A150 - 260
5X-RAY DIFFRACTION2A10 - 24
6X-RAY DIFFRACTION3A51 - 93
7X-RAY DIFFRACTION4A94 - 117
8X-RAY DIFFRACTION5A123 - 149
9X-RAY DIFFRACTION6A261 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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