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- PDB-2fm2: HCV NS3-4A protease domain complexed with a ketoamide inhibitor, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fm2
タイトルHCV NS3-4A protease domain complexed with a ketoamide inhibitor, SCH446211
要素
  • NS3 protease/helicase
  • NS4a protein
キーワードHYDROLASE / Hepatitis C Virus / HCV / NS3/4A protease / ketoamide inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TERT-BUTYL / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yi, M. / Tong, X. / Skelton, A. / Chase, R. / Chen, T. / Prongay, A. / Bogen, S.L. / Saksena, A.K. / Njoroge, F.G. / Veselenak, R.L. ...Yi, M. / Tong, X. / Skelton, A. / Chase, R. / Chen, T. / Prongay, A. / Bogen, S.L. / Saksena, A.K. / Njoroge, F.G. / Veselenak, R.L. / Pyles, R.B. / Bourne, N. / Malcolm, B.A. / Lemon, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Mutations conferring resistance to SCH6, a novel hepatitis C virus NS3/4A protease inhibitor. Reduced RNA replication fitness and partial rescue by second-site mutations
著者: Yi, M. / Tong, X. / Skelton, A. / Chase, R. / Chen, T. / Prongay, A. / Bogen, S.L. / Saksena, A.K. / Njoroge, F.G. / Veselenak, R.L. / Pyles, R.B. / Bourne, N. / Malcolm, B.A. / Lemon, S.M.
履歴
登録2006年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S).THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A DIMER OF THE PROTEASE DOMAIN WHICH IS THE N-TERMINAL 181 RESIDUES OF THE NS3 PROTEIN (631 RESIDUES) THAT CONTAINS BOTH THE PROTEASE DOMAIN AND THE HELICASE DOMAIN. BIOLOGICALLY THE PROTEASE DOMAIN FUNCTIONS AS PART OF THE LARGER (631 RESIDUE) PROTEIN. THE LARGER PROTEIN HAS NOT BEEN SHOWN TO EXIST AS A DIMER. THE SMALLER PROTEASE DOMAIN (RESIDUES 1-181) THAT HAVE BEEN EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL T7 EPITOPE TAG AND A C-TERMINAL HIS TAG, EXISTS AS A DIMER IN THE ASYMMETRIC UNIT. IT IS UNKNOWN WHETHER THIS PROTEIN DOMAIN IS FUNCTIONAL AS A MONOMER OR A DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease/helicase
B: NS4a protein
C: NS3 protease/helicase
D: NS4a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1888
ポリマ－47,2554
非ポリマー9344
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.909, 224.909, 75.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The asymmetric unit contains a dimer of the protease domain which is the N-terminal 181 residues of the NS3 protein (631 residues) that contains both the protease domain and the helicase domain. Biological the protease domain functions as part of the larger (631 residue) protein. The larger protein has not been shown to exist as a dimer. The smaller protease domain (residues 1-181) that have been expressed with an N-terminal T7 epitope tag and a C-terminal His Tag, exists as a dimer in the asymmetric unit. This protein domain is believed to be functional as either a monomer or a dimer.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NS3 protease/helicase


分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / 株: H1A / 遺伝子: NS polyprotein / プラスミド: pET-3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: GenBank: 28921568, UniProt: Q9ELS8*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド NS4a protein


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-39 with 2 LYS at both C and N-terminal / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptides were synthesized using Fmoc solid-phase chemistry on an ABI 431 synthesizer
参照: UniProt: Q9ELS8*PLUS

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非ポリマー , 4種, 158分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-3BC / TERT-BUTYL [(1S)-1-({(1R,2S,5S)-2-[(3S,10S)-3-(CYCLOPROPYLMETHYL)-12-METHYL-4,5,8,11-TETRAOXO-10-PHENYL-2,6,9,12-TETRAAZATRIDECAN-1 -OYL]-6,6-DIMETHYL-3-AZABICYCLO[3.1.0]HEX-3-YL}CARBONYL)-2,2-DIMETHYLPROPYL]CARBAMATE / N-(R-CARBOXY-ETHYL)-ALPHA-(S)-(2-PHENYLETHYL)GLYCYL-L-ARGININE-N-PHENYLAMIDE


分子量: 724.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H56N6O8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.31 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: Crystallization was performed by the vapor diffusion method using hanging drops (4 uL protein solution mixed with 4 uL (0.75 - 1.00)M NaCl - 0.1M MES - 0.1M Na/K PO4, pH 5.6 - 5.8) suspended ...詳細: Crystallization was performed by the vapor diffusion method using hanging drops (4 uL protein solution mixed with 4 uL (0.75 - 1.00)M NaCl - 0.1M MES - 0.1M Na/K PO4, pH 5.6 - 5.8) suspended over 1mL reservoir solutions of (1.25 - 1.50)M NaCl - 0.1M MES - 0.1M Na/K PO4 - 5mM-mercaptoethanol, pH 5.6-5.8. The trays were set at 4C for 5-7 days to control nucleation, followed by incubation for 3 weeks at 12C to maximize crystal growth. , pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月14日 / 詳細: MULTILAYER X-RAY FOCUSING OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 19889 / Num. obs: 19511 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 32.938 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1636 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
HKL-2000データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: HCV NS3(139A)/4A protease domain structure

139a


解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 1.7 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1713 -RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.189 19093 --
obs0.189 17354 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 0 58 154 2926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.537
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3493 147 -
Rwork0.3081 --
obs-1230 51.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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