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- PDB-4ylg: Structure of an ADP ribosylation factor from Entamoeba histolytic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ylg
タイトルStructure of an ADP ribosylation factor from Entamoeba histolytica HM-1:IMSS bound to Mg-GDP
要素ADP-ribosylation factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain ...ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of an ADP-ribosylation factor, ARF1, from Entamoeba histolytica bound to Mg(2+)-GDP.
著者: Serbzhinskiy, D.A. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Myler, P.J.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor
B: ADP-ribosylation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5096
ポリマ－39,5742
非ポリマー9354
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.540, 40.660, 78.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-329-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor / Small GTPase ArfA1


分子量: 19786.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
遺伝子: EHI_073470, EHI_137720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LXL1
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% ethanol, 0.1M Tris, Cryoprotection 25% Ethylene glycol, pH 7.0
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月18日
放射モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.729 Å / Num. obs: 34091 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.12 % / Biso Wilson estimate: 15.96 Å2 / Rmerge F obs: 0.091 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 15.97 / Num. measured all: 141065
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.8-1.850.4050.4313.2411831268426000.48696.9
1.85-1.90.4930.4513.9110019258424000.51792.9
1.9-1.950.2110.1549.265711253517460.18568.9
1.95-2.010.2570.2366.0210554249024520.26998.5
2.01-2.080.1750.159.588007237921110.17788.7
2.08-2.150.1950.1848.559275230821550.2193.4
2.15-2.230.1450.13810.138730223320470.15891.7
2.23-2.320.1160.08614.46211216418210.10584.1
2.32-2.430.0760.0914.489189206520320.10198.4
2.43-2.550.0650.07416.668768199019660.08498.8
2.55-2.680.0710.07417.937552186818150.08597.2
2.68-2.850.0590.06319.977590178317480.07298
2.85-3.040.0390.04723.327250166816580.05499.4
3.04-3.290.030.04127.266763159015760.04699.1
3.29-3.60.0330.0429.555391144614030.04797
3.6-4.020.0310.04132.364358131012210.04793.2
4.02-4.650.0220.03134.664720116811600.03699.3
4.65-5.690.020.02835.43416710009970.03299.7
5.69-8.050.0170.02734.633347777770.03100
8.050.0140.02238.0516454514060.02690

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.57 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.73 Å
Translation2.5 Å19.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R8S

1r8s


解像度: 1.8→19.729 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1702 5 %Random selection
Rwork0.2228 32359 --
obs0.2254 34061 93.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.81 Å2 / Biso mean: 25.5245 Å2 / Biso min: 6.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 58 313 2863
Biso mean--16.08 33.46 -
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.143619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.306967
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.85280.30251340.2322801X-RAY DIFFRACTION97
1.8528-1.91260.47531150.37382337X-RAY DIFFRACTION82
1.9126-1.98090.48611330.41942414X-RAY DIFFRACTION85
1.9809-2.06010.33631320.26992681X-RAY DIFFRACTION93
2.0601-2.15380.38351350.31962629X-RAY DIFFRACTION91
2.1538-2.26720.451110.33422571X-RAY DIFFRACTION88
2.2672-2.4090.30751490.24172676X-RAY DIFFRACTION93
2.409-2.59460.27621330.19962862X-RAY DIFFRACTION99
2.5946-2.8550.25221590.20222779X-RAY DIFFRACTION97
2.855-3.26650.20751630.18412871X-RAY DIFFRACTION99
3.2665-4.10940.20741560.16652779X-RAY DIFFRACTION96
4.1094-19.72990.19261820.15822959X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18320.03570.03891.0038-0.21170.0589-0.01360.02570.0454-0.15720.0246-0.04-0.4022-0.1021-0.03980.5105-0.08630.09350.5719-0.0964-0.038362.853211.36464.1695
22.4259-0.4976-0.05712.19810.8052.66640.02870.29850.0918-0.0840.21470.01170.04860.2119-0.1160.1773-0.0641-0.01360.13560.03670.038853.234512.871618.5963
33.47710.5379-0.62385.203-0.70673.9631-0.08410.0538-0.2416-0.11690.05220.07640.2591-0.07080.03180.1162-0.02280.00240.18950.02820.072946.61384.645216.5346
40.8418-0.0923-1.83061.99010.59294.16860.08570.64180.1338-0.11150.07230.1768-0.0193-0.1525-0.12020.1288-0.02220.01590.28080.02880.045352.95156.173715.1046
53.27351.15830.60175.7017-1.32630.5584-0.36620.3858-1.23730.1636-0.32560.07421.2699-0.42760.58040.5313-0.03440.01530.2266-0.05030.352358.3230.757723.9914
64.8875-2.5814-1.93424.67861.81414.8212-0.1470.0674-0.0940.27930.0919-0.00530.06260.02140.07690.1163-0.0242-0.0280.04850.01850.020958.615415.576124.2041
72.5974-1.4697-1.15954.3073.29944.3145-0.1646-0.0479-0.27380.37880.2631-0.17710.27730.0953-0.10090.259-0.0381-0.06220.15850.01860.05560.681813.079333.3352
85.5418-1.6823-0.96914.45391.24815.0775-0.07720.174-0.55520.1998-0.011-0.27150.47450.580.05380.1496-0.0033-0.01050.1743-0.02620.132165.676610.009921.6171
93.0058-2.70232.09323.7047-1.50242.4456-0.3489-0.17590.80030.10830.1739-0.3373-0.51650.01860.15980.2179-0.0206-0.03860.09360.01010.227358.829327.089129.3006
102.45731.0131-0.83651.83451.13193.1989-0.03320.24410.1731-0.21880.1529-0.3886-0.29650.3928-0.08640.1591-0.07230.03040.1201-0.00930.147464.998219.62422.2056
117.0495-1.6104-0.49183.80910.04833.35190.27570.91050.4535-0.8728-0.0461-0.429-0.30520.4299-0.17340.3049-0.09750.09770.3151-0.0060.133465.17518.254112.3359
122.25830.09650.04193.1951-0.2582.6858-0.08090.5339-0.2332-0.27330.00070.29650.0635-0.18120.00580.1347-0.0369-0.01480.2108-0.05920.141532.98365.153216.3391
132.4348-0.20760.04232.88780.22192.79670.00310.20980.00310.0087-0.02120.2933-0.1307-0.12240.03830.1226-0.02050.02170.05380.00320.162224.04315.119728.2981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 13 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 33 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 46 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 63 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 64 through 80 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 81 through 92 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 93 through 108 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 109 through 122 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 123 through 138 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 139 through 161 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 162 through 173 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 3 through 64 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 65 through 173 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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