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- PDB-4qgx: Crystal structure of the R132K:R111L:L121E mutant of Cellular Ret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qgx
タイトルCrystal structure of the R132K:R111L:L121E mutant of Cellular Retinoic Acid Binding ProteinII complexed with a synthetic ligand (Merocyanine) at 1.47 angstrom resolution
要素Cellular retinoic acid-binding protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Protein Engineering / Protein Fluorescence / Merocyanine dyes for fluorescent protein labeling / Fluorescent protein tag / Merocyanine Protonated Schiff Base Iminium
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription ...retinoid binding / retinoic acid binding / retinal binding / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LMC / Cellular retinoic acid-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.471 Å
データ登録者Nosrati, M. / Yapici, I. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: "Turn-on" protein fluorescence: in situ formation of cyanine dyes.
著者: Yapici, I. / Lee, K.S. / Berbasova, T. / Nosrati, M. / Jia, X. / Vasileiou, C. / Wang, W. / Santos, E.M. / Geiger, J.H. / Borhan, B.
履歴
登録2014年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct / struct_conn ...struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
B: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3193
ポリマ－31,0512
非ポリマー2671
水5,999333
1
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7932
ポリマ－15,5261
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellular retinoic acid-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5261
ポリマ－15,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3193
ポリマ－31,0512
非ポリマー2671
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.651, 36.964, 58.599
Angle α, β, γ (deg.)72.58, 76.35, 88.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II


分子量: 15525.708 Da / 分子数: 2 / 変異: R132K, R111L, L121E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: Pet17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物 ChemComp-LMC / (2E,4E,6E)-3-methyl-6-(1,3,3-trimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene)hexa-2,4-dienal / (2E,4E,6Z)-3-methyl-6-(1,3,3-trimethylindolin-2-ylidene)hexa-2,4-dienal


分子量: 267.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M bis Tris Propane, 0.2M Sodium Floride, 16% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→50 Å / Num. all: 174571 / Num. obs: 45647 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2G7B

2g7b


解像度: 1.471→35.239 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2212 5.02 %
Rwork0.1887 --
obs0.1903 44036 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.962 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0184 Å2-0.0015 Å20.0959 Å2
2---0.0016 Å20.037 Å2
3---0.0201 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.471→35.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 19 333 2526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2523105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.04879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4711-1.50310.29391340.25342473X-RAY DIFFRACTION91
1.5031-1.5380.29151450.22952521X-RAY DIFFRACTION95
1.538-1.57650.22561200.21582604X-RAY DIFFRACTION95
1.5765-1.61910.2351230.19822614X-RAY DIFFRACTION95
1.6191-1.66680.25821360.1972599X-RAY DIFFRACTION95
1.6668-1.72060.26241300.19582618X-RAY DIFFRACTION96
1.7206-1.7820.23231350.19772581X-RAY DIFFRACTION96
1.782-1.85340.24451310.19532627X-RAY DIFFRACTION96
1.8534-1.93770.24811290.18792645X-RAY DIFFRACTION97
1.9377-2.03990.20631240.19592635X-RAY DIFFRACTION97
2.0399-2.16770.22851630.19232642X-RAY DIFFRACTION97
2.1677-2.3350.21931670.18962616X-RAY DIFFRACTION97
2.335-2.56990.24011230.20242649X-RAY DIFFRACTION98
2.5699-2.94160.2551420.20852679X-RAY DIFFRACTION98
2.9416-3.70550.19621690.17342660X-RAY DIFFRACTION99
3.7055-35.24950.17871410.16262661X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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