PDB-2fls: Crystal structure of Human Glutaredoxin 2 complexed with glutathione

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fls

タイトル

Crystal structure of Human Glutaredoxin 2 complexed with glutathione

要素

Glutaredoxin-2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin fold / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

arsenate reductase (glutaredoxin) activity / glutathione disulfide oxidoreductase activity / DNA protection / response to redox state / response to temperature stimulus / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / regulation of signal transduction / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Johansson, C. / Smee, C. / Kavanagh, K.L. / Debreczeni, J. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Sundstrom, M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Human Glutaredoxin 2 complexed with glutathione
著者: Johansson, C. / Smee, C. / Kavanagh, K.L. / Debreczeni, J. / Oppermann, U. / Sundstrom, M.

履歴

登録	2006年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年12月5日	Group: Other
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fls.cif.gz	36.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fls.ent.gz	23.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fls_validation.pdf.gz	702 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fls_full_validation.pdf.gz	702.1 KB	表示
XML形式データ	2fls_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	2fls_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2fls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2fls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cq9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hvc-d 2vzq-2 4zyc-3 2e7p-5 1yn3-1 4neo-d 3sol-d 5zvl-5 3lgc-d 6a2h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutaredoxin-2

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.201, 60.201, 67.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Glutaredoxin-2 分子量: 15299.536 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 56-164 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLRX2, GRX2 / プラスミド: pET28 derived, pNIC28-BSA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NS18
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE 分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M citrate, 25% PEG 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→41.38 Å / Num. all: 9322 / Num. obs: 9322 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 7834 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CQ9

2cq9

解像度: 2.05→41.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 8.222 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The dataset was analyzed for twinning and showed a twin fraction of ~20%. Consequently, the dataset was processed using the program DETWIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2309	448	5 %	RANDOM
R_work	0.19045	-	-	-
all	0.192	8589	-	-
obs	0.19238	8589	97.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.87 Å²	0.43 Å²	0 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	784	0	20	53	857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	820
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.964	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.005	3.003	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.543	5	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.601	24.444	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.074	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.745	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.372	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.754	3	518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.75	3	204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.777	5	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.23	7	341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.237	11	302
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	32	-
R_work	0.247	622	-
obs	-	-	96.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -25.9147 Å / Origin y: 16.0469 Å / Origin z: 7.7576 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0349 Å²	-0.004 Å²	0.0068 Å²	-	-0.1301 Å²	-0.0108 Å²	-	-	-0.1242 Å²
L	3.3578 °²	1.2874 °²	-0.787 °²	-	3.1792 °²	-1.2134 °²	-	-	3.8999 °²
S	-0.0999 Å °	-0.1388 Å °	0.1668 Å °	0.0879 Å °	0.0624 Å °	0.1116 Å °	-0.1218 Å °	0.1515 Å °	0.0375 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 115	23 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	125

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関連情報:EMDBヘッダ

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