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- PDB-5hvc: Solution structure of the apo state of the acyl carrier protein f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hvc
タイトルSolution structure of the apo state of the acyl carrier protein from the MLSA2 subunit of the mycolactone polyketide synthase
要素Type I modular polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein mycolactone
機能・相同性
機能・相同性情報


phenol-containing compound biosynthetic process / toxin biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH ...: / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / ACP-like / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Type I modular polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Vance, S. / Tkachenko, O. / Thomas, B. / Bassuni, M. / Hong, H. / Nietlispach, D. / Broadhurst, R.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust094252/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Sticky swinging arm dynamics: studies of an acyl carrier protein domain from the mycolactone polyketide synthase.
著者: Vance, S. / Tkachenko, O. / Thomas, B. / Bassuni, M. / Hong, H. / Nietlispach, D. / Broadhurst, W.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type I modular polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2371
ポリマ－10,2371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5390 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Type I modular polyketide synthase


分子量: 10237.473 Da / 分子数: 1
断片: Acyl carrier protein fragment, UNP residues 2050 to 2140
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
遺伝子: mlsA2, MUP039c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q6MZA5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 15N-TOCSY-HSQC
131isotropic13D 15N-NOESY-HSQC
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic23D 13C-NOESY-HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 150 mM sodium phosphate, 0.1 mM 333-trimethylsilylpropionate, sodium salt, 90% H2O/10% D2O
詳細: The sample was prepared at a concentration of 800 micromolar in phosphate buffer supplemented with 10 % D2O (Sigma) and 0.0025 % 3,3,3-trimethylsilylpropionate (Sigma) in 5 mm Ultra-Imperial ...詳細: The sample was prepared at a concentration of 800 micromolar in phosphate buffer supplemented with 10 % D2O (Sigma) and 0.0025 % 3,3,3-trimethylsilylpropionate (Sigma) in 5 mm Ultra-Imperial grade NMR tubes (Wilmad) to a final volume of 600 microlitres.
Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.1 mM333-trimethylsilylpropionate, sodium saltnatural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 25 / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: The structures are based on 2839 distance restraints, no hydrogen bond restraints, and 167 backbone dihedral angle restraints defined using the DANGLE algorithm in CCPN Analysis
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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