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- PDB-4a56: Crystal structure of the type 2 secretion system pilotin from Kle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a56
タイトルCrystal structure of the type 2 secretion system pilotin from Klebsiella Oxytoca
要素PULLULANASE SECRETION PROTEIN PULS
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T2SS
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / intracellular protein transport
類似検索 - 分子機能
Chaperone lipoprotein PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS-like / PulS/OutS-like superfamily / Type II secretion system pilotin lipoprotein (PulS_OutS) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pullulanase secretion protein puls / Pullulanase secretion protein PulS
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Tosi, T. / Nickerson, N.N. / Mollica, L. / RingkjobingJensen, M. / Blackledge, M. / Baron, B. / England, P. / Pugsley, A.P. / Dessen, A.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol / 年: 2011
タイトル: Pilotin-Secretin Recognition in the Type II Secretion System of Klebsiella Oxytoca.
著者: Tosi, T. / Nickerson, N.N. / Mollica, L. / Jensen, M.R. / Blackledge, M. / Baron, B. / England, P. / Pugsley, A.P. / Dessen, A.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PULLULANASE SECRETION PROTEIN PULS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3622
ポリマ－10,2431
非ポリマー1181
水1,49583
1
A: PULLULANASE SECRETION PROTEIN PULS
ヘテロ分子

A: PULLULANASE SECRETION PROTEIN PULS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7234
ポリマ－20,4872
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.507, 46.896, 109.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2025-

HOH

21A-2033-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PULLULANASE SECRETION PROTEIN PULS / PULS


分子量: 10243.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 30-122 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20440, UniProt: H0USY9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 100 MM HEPES PH 7.5, 75% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 230 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→4 Å / Num. obs: 47490 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.24→54.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.201 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18975 1276 5.1 %RANDOM
Rwork0.17322 ---
obs0.17406 23774 97.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→54.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数717 0 8 83 808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9631081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0275111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.2192542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17315146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.591158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8861.5493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6682794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5583297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1634.5277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.242→1.275 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 73 -
Rwork0.218 1400 -
obs--79.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.0237 Å / Origin y: 12.215 Å / Origin z: 16.2778 Å
111213212223313233
T0.0117 Å20.0115 Å20.0074 Å2-0.0191 Å20.0076 Å2--0.0216 Å2
L0.1638 °2-0.2276 °2-0.0652 °2-0.6684 °20.5193 °2--0.7402 °2
S0.0279 Å °0.0483 Å °0.0411 Å °-0.0111 Å °-0.049 Å °-0.0426 Å °-0.0018 Å °-0.0213 Å °0.0211 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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