PDB-2cq9: Solution structure of RSGI RUH-044, an N-terminal domain of Gluta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cq9

タイトル

Solution structure of RSGI RUH-044, an N-terminal domain of Glutaredoxin 2 from human cDNA

要素

GLRX2 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / glutaredoxin / glutaredoxin 2 / glutathione-S-transferase / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to superoxide / arsenate reductase (glutaredoxin) activity / glutathione disulfide oxidoreductase activity / DNA protection / response to redox state / response to temperature stimulus / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / regulation of signal transduction / glutathione metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Abe, T. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of RSGI RUH-044, an N-terminal domain of Glutaredoxin 2 from human cDNA
著者: Abe, T. / Hirota, H. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cq9.cif.gz	774.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cq9.ent.gz	649.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/2cq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/2cq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1s7i-d 2wlc-d 6wpz-2 1i6u-2 5fv6-1 1k0m-2 3otf-d 4pdb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002021569.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLRX2 protein

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy and target function

#1: タンパク質	GLRX2 protein / Glutaredoxin 2 分子量: 14401.383 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / プラスミド: P041115-06 / 参照: UniProt: Q9NS18
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: Spectrometer_id 1 for 3D_15N-separated_NOESY; Spectrometer_id 2 for 3D_13C-separated_NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.43mM RSGI RUH-044 U-15,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% D2O, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.9295	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy and target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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