[日本語] English
万見
- PDB-4pdb: CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS ANTHRACIS RIBOSOMAL PROTEIN S8 IN C... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pdb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS ANTHRACIS RIBOSOMAL PROTEIN S8 IN COMPLEX WITH AN RNA APTAMER
要素
  • 30S ribosomal protein S8
  • SELEX RNA aptamer
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX SELEX BASE TRIPLE TRANSLATION / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / 30S ribosomal protein S8 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Davlieva, M. / Shamoo, Y. / Nikonowicz, E.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI080714 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM73969 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI057156 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure analysis of free and bound states of an RNA aptamer against ribosomal protein S8 from Bacillus anthracis.
著者: Davlieva, M. / Donarski, J. / Wang, J. / Shamoo, Y. / Nikonowicz, E.P.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S8
I: SELEX RNA aptamer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5762
ポリマ－29,5762
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.410, 59.270, 92.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 17367.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: rpsH / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: W0CSD8, UniProt: Q81VR6*PLUS
#2: RNA鎖 SELEX RNA aptamer


分子量: 12209.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 M di-ammonium hydrogen citrate, 100 mM sodium chloride, 16% PEG 3350, 10 mM spermidine

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月31日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 9801 / Num. obs: 9796 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.08 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.73 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
REFMAC5.7.0032精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→28.215 Å / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.069 / 位相誤差: 28.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2631 471 4.81 %Random
Rwork0.189 ---
obs0.1922 9325 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.52 Å20 Å20 Å2
2--6.95 Å20 Å2
3---6.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1021 810 0 17 1848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.262796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.174859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.599-2.6660.2231630.15443211X-RAY DIFFRACTION100
2.6002-2.97610.37841480.28283049X-RAY DIFFRACTION100
2.9761-3.74820.29511600.21713059X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る