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- PDB-2fk6: Crystal Structure of RNAse Z/tRNA(Thr) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fk6
タイトルCrystal Structure of RNAse Z/tRNA(Thr) complex
要素
  • RIBONUCLEASE Z
  • TRNA(THR)
キーワードHYDROLASE/RNA / PROTEIN-tRNA COMPLEX / ZINC-DEPENDENT METAL HYDROLASE / tRNA MATURASE / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNase Z / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease Z/BN / Beta-lactamase superfamily domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease Z
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li de la Sierra-Gallay, I. / Mathy, N. / Pellegrini, O. / Condon, C.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the ubiquitous 3' processing enzyme RNase Z bound to transfer RNA.
著者: Li de la Sierra-Gallay, I. / Mathy, N. / Pellegrini, O. / Condon, C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural basis for substrate binding, cleavage and allostery in the tRNA maturase RNase Z
著者: Li de la Sierra-Gallay, I. / Pellegrini, O. / Condon, C.
履歴
登録2006年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: TRNA(THR)
A: RIBONUCLEASE Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4405
ポリマ－61,0882
非ポリマー3533
水19811
1
R: TRNA(THR)
A: RIBONUCLEASE Z
ヘテロ分子

R: TRNA(THR)
A: RIBONUCLEASE Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,88110
ポリマ－122,1754
非ポリマー7056
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)173.540, 42.400, 110.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -X,Y,-Z

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要素

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 RA

#1: RNA鎖 TRNA(THR)


分子量: 25522.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: B.subtilis tRNAThr(encoded by the trn1-Thr gene) was transcribed in vitro as a precursor with 6 nt 3'-extension from PCR fragment generated from plasmid pHMT1, using oligonucleotides HP560 and CC079
参照: GenBank: 32468687
#2: タンパク質 RIBONUCLEASE Z / E.C.3.1.26.11 / RNase Z / tRNase Z / tRNA 3 endonuclease


分子量: 35565.523 Da / 分子数: 1 / Mutation: I46M, L228M, H65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: W168 / 遺伝子: RNZ / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (LAMBDADE3)-RIL / 参照: UniProt: P54548, tRNase Z

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非ポリマー , 4種, 14分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG MME 2000, 0.1M Na-MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG MME 200011
2Na-MES11
3PEG MME 200012
4Na-MES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月6日
放射モノクロメーター: 2 SILICON CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.12 Å / Num. all: 15664 / Num. obs: 15022 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 250 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y44

1y44


解像度: 2.9→47.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 882652.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 747 5 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.251 15022 95.9 %-
all-15664 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.4769 Å2 / ksol: 0.399279 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.63 Å20 Å213.54 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3---19.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 1125 19 11 3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 114 5 %
Rwork0.346 2160 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5ligand_xplor_par.txt&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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