PDB-5ayk: Crystal structure of ERdj5 form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ayk

タイトル

Crystal structure of ERdj5 form I

要素

DnaJ homolog subfamily C member 10

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PDI FAMILY / THIOREDOXIN / ENDOPLASMIC RETICULUM

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / endoplasmic reticulum chaperone complex / protein folding in endoplasmic reticulum / disulfide oxidoreductase activity / misfolded protein binding / positive regulation of ATP-dependent activity / ATPase activator activity / negative regulation of protein phosphorylation / protein-disulfide reductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Watanabe, S. / Maegawa, K. / Inaba, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Highly dynamic nature of ERdj5 is essential for enhancement of the ER associated degradation
著者: Maegawa, K. / Watanabe, S. / Okumura, M. / Noi, K. / Inoue, M. / Ushioda, R. / Ogura, T. / Nagata, K. / Inaba, K.

履歴

登録	2015年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ayk.cif.gz	312.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ayk.ent.gz	250.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ayk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aylC 3apoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3um1-d 5lb3-d 2gj7-d 2fk6-1 2xkn-d 5ywf-d 5bq9-d 5jr3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (4)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (3)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (3)

登録構造単位

A: DnaJ homolog subfamily C member 10

ヘテロ分子

89.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.990, 52.970, 92.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DnaJ homolog subfamily C member 10 / Endoplasmic reticulum DNA J domain-containing protein 5 / ERdj5 / Endoplasmic reticulum DnaJ-PDI ...Endoplasmic reticulum DNA J domain-containing protein 5 / ERdj5 / Endoplasmic reticulum DnaJ-PDI fusion protein 1 / J domain-containing protein disulfide isomerase-like protein / JPDI 分子量: 89317.570 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-793 変異: C148S, C151S, G389V, C409S, C470S, C473S, C578S, C581S, C690S, C693S 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dnajc10, Erdj5, Jpdi / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 参照: UniProt: Q9DC23, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体
#2: 化合物	ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS 分子量: 201.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, cystin / PH範囲: 7.5-8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→46.14 Å / Num. obs: 39380 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: 3APO

3apo

解像度: 2.25→19.951 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	1977	5.03 %
R_work	0.2145	-	-
obs	0.216	39315	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5870	0	14	119	6003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	8303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.384	2187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	884
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1080

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2454-2.3015	0.3396	124	0.3174	2570	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3015-2.3636	0.3109	137	0.2979	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3636-2.433	0.3386	145	0.2835	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.433-2.5114	0.3313	140	0.2824	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5114-2.601	0.291	151	0.2711	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.601-2.7049	0.2919	144	0.2648	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7049-2.8277	0.2903	150	0.2527	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8277-2.9763	0.2772	147	0.2476	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9763-3.1621	0.2592	115	0.2378	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1621-3.4051	0.253	137	0.2145	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4051-3.7457	0.2003	144	0.1892	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7457-4.2831	0.224	150	0.176	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2831-5.3787	0.208	141	0.174	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3787-19.9517	0.2033	152	0.1898	2766	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5869	-0.3735	0.2091	0.9364	0.1074	0.4367	0.0591	0.3065	0.3027	-0.0521	0.0527	0.1579	0.0663	-0.1527	-0	0.5442	-0.0268	-0.052	0.7201	0.0774	0.5182	8.0456	18.6513	9.1609
2	1.7355	0.8328	0.1994	0.9737	0.0392	2.2642	-0.0351	0.4269	-0.0121	-0.0339	0.0559	0.1286	0.2317	-0.2154	-0.0059	0.3254	-0.0646	-0.0289	0.5608	-0.0481	0.4065	-0.7415	-5.4112	17.9258
3	1.3535	0.61	0.3832	1.7221	-0.4271	1.4166	0.0364	-0.1593	-0.1286	0.2292	0.1284	0.3151	-0.0487	-0.0975	0.0079	0.326	0.0558	0.1078	0.3057	0.0643	0.4937	-5.8828	-13.3002	49.668
4	1.7828	-0.071	0.0425	2.2809	0.0052	1.5693	-0.0092	0.0566	-0.0711	0.0572	0.038	-0.0267	0.0181	-0.0635	0	0.1999	-0.0131	-0.0024	0.1695	0.0063	0.1951	21.7664	-3.3577	38.8614
5	0.9623	-0.4795	0.1321	2.0239	0.2656	2.8323	-0.0035	0.1058	0.0532	-0.2422	0.0878	-0.0661	-0.8318	0.5528	0.0026	0.4698	-0.1453	0.0455	0.4286	-0.0352	0.299	31.8043	3.8433	18.9056
6	1.486	-0.6068	-0.7809	2.5871	0.1572	1.9188	-0.0856	-0.2352	0.0654	0.1624	0.0669	0.0165	0.2026	0.352	-0.0048	0.3812	0.0976	0.0212	0.3454	-0.0121	0.2405	50.0997	2.73	-7.4742
7	2.2897	-0.0668	1.2733	2.4724	1.1995	2.5434	-0.0616	-0.0661	0.1479	0.1097	0.0525	0.1769	-0.334	-0.1498	-0.0037	0.3318	0.1095	0.0154	0.2559	0.047	0.3389	26.4438	9.4514	-28.3358

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 116)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 233)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 234 through 347 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 348 through 453 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 454 through 555 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 556 through 668 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 669 through 783 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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