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Yorodumi- PDB-5bq9: Crystal structure of uncharacterized protein lpg1496 Legionella p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bq9 | ||||||
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Title | Crystal structure of uncharacterized protein lpg1496 Legionella pneumophila subsp. pneumophila | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | Unknown Function / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain / SidE PDE domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2785 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Morar, M. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2015 Title: Crystal structure of the Legionella pneumophila lem10 effector reveals a new member of the HD protein superfamily. Authors: Morar, M. / Evdokimova, E. / Chang, C. / Ensminger, A.W. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bq9.cif.gz | 352.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bq9.ent.gz | 293.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bq9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bq9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 68007.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg1496 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / References: UniProt: Q5ZVE4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.4 Details: 0.15M Magnesium Chloride, 0.1M Tris, 24% PEG 3350, 5% DMSO. 0.5M Calcium Chloride |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.278→50 Å / Num. all: 38964 / Num. obs: 38820 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.803 / Net I/av σ(I): 21.768 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 265782 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2785→32.363 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.36 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 162.99 Å2 / Biso mean: 45.2715 Å2 / Biso min: 6.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2785→32.363 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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