+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ff2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Trypanosoma vivax nucleoside hydrolase co-crystallized with ImmucillinH | ||||||
![]() | IAG-nucleoside hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Rossmann fold / loop ordering / aromatic stacking | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Versees, W. / Barlow, J. / Steyaert, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Transition-state Complex of the Purine-specific Nucleoside Hydrolase of T.vivax: Enzyme Conformational Changes and Implications for Catalysis. 著者: Versees, W. / Barlow, J. / Steyaert, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 114.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The asymmetric unit contains the biologically relevant homodimer |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37718.984 Da / 分子数: 2 / 断片: IAG-NH / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NI / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.05 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 100 mM Tris pH 8.5, 215 microM Immucillin H , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月14日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8131 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 31456 / Num. obs: 31456 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 15.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.218 / Net I/σ(I): 9.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / Num. unique all: 3157 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1HOZ 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.23 Å /
|