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万見
- PDB-2f8d: BenM effector-Binding domain crystallized from high pH conditions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8d
タイトルBenM effector-Binding domain crystallized from high pH conditions
要素HTH-type transcriptional regulator benM
キーワードGENE REGULATION / BenM / LTTR / LysR-type transcriptional regulator / tetramerization / Effector binding domain / Inducer binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / PHOSPHATE ION / HTH-type transcriptional regulator BenM
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baylyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Neidle, E.L. / Momany, C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.
著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Neidle, E.L. / Momany, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization of the effector-binding domains of BenM and BenM, LysR-type transcriptional regulators from Acinetobacter sp. ADP1.
著者: Clark, T. / Haddad, S. / Neidle, E. / Momany, C.
履歴
登録2005年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator benM
B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,81712
ポリマ－52,8032
非ポリマー1,01410
水8,197455
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.060, 106.401, 184.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1169-

HOH

詳細The biological unit is a dimer. A dimer is in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator benM / Ben and cat operon transcriptional regulator


分子量: 26401.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi (バクテリア)
株: ADP1 / 遺伝子: benM / プラスミド: pet21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 (BL21) / 参照: UniProt: O68014
#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.1 %
結晶化pH: 10
詳細: PEG 4000, glycerol, imidazole, tris, CAPS, KBr, NaCl, benzoate, pH 10, Microbatch under oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→92.06 Å / Num. all: 25480 / Num. obs: 25480 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.16 % / Biso Wilson estimate: 53.78698 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 5.85 / Num. measured obs: 2494 / Num. unique all: 2494 / Rsym value: 0 / Χ2: 1.355 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F6G

2f6g


解像度: 2.7→92.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.356 / SU ML: 0.139 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1299 5.1 %RANDOM
Rwork0.148 ---
all0.151 24162 --
obs0.151 24162 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.036 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→92.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3503 0 68 455 4026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.9954970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.475443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05223.765162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.15215633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7422260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63953591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.17671547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.887101376
LS精密化 シェル解像度: 2.695→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 103 -
Rwork0.222 1687 -
all-1790 -
obs--94.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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