+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2f6p | ||||||
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Title | BenM effector binding domain- SeMet derivative | ||||||
Components | HTH-type transcriptional regulator benM | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / LTTR / lysR-type transcriptional regulator / inducer binding domain / effector binding domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baylyi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.001 Å | ||||||
Authors | Clark, T. / Haddad, S. / Ezezika, O. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator. Authors: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2004 Title: Crystallization of the effector-binding domains of BenM and BenM, LysR-type transcriptional regulators from Acinetobacter sp. ADP1. Authors: Clark, T. / Haddad, S. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2f6p.cif.gz | 113.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2f6p.ent.gz | 93 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2f6p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2f6p_validation.pdf.gz | 456.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2f6p_full_validation.pdf.gz | 458.1 KB | Display | |
Data in XML | 2f6p_validation.xml.gz | 23 KB | Display | |
Data in CIF | 2f6p_validation.cif.gz | 34.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6p | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit (effector binding domain) is the dimer in the asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 26682.818 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baylyi (bacteria) / Strain: ADP1 / Gene: benM, benR / Plasmid: pET21b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O68014 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: microbatch under oil Details: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, NaCl, tris, glycerol, imidazole, microbatch under oil, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97935 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→58.926 Å / Num. obs: 35252 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 24.31766 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 49.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. measured obs: 3427 / Num. unique all: 3427 / Χ2: 0.696 / % possible all: 98.6 |
-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.54 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.52 / Reflection: 33118 / Reflection acentric: 29880 / Reflection centric: 3238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.001→58.926 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.18 / SU B: 7.084 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.161 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.413 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.001→58.926 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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