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Yorodumi- PDB-3hx4: Crystal structure of CDPK1 of Toxoplasma gondii, TGME49_101440, i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hx4 | ||||||
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Title | Crystal structure of CDPK1 of Toxoplasma gondii, TGME49_101440, in presence of calcium | ||||||
Components | Calmodulin-domain protein kinase 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / cdpks / toxoplasma / kinase / protist / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Toxoplasma gondii (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Finnerty, P. / Xiao, T. / He, H. / MacKenzie, F. / Sinestera, G. / Hassani, A.A. / Wasney, G. / Vedadi, M. ...Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Finnerty, P. / Xiao, T. / He, H. / MacKenzie, F. / Sinestera, G. / Hassani, A.A. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Lourido, S. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Sibley, D.L. / Hui, R. / Lin, Y.H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Structures of apicomplexan calcium-dependent protein kinases reveal mechanism of activation by calcium. Authors: Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / Finerty, P. / Lin, Y.H. / Amani, M. / Allali-Hassani, A. / Senisterra, G. / Vedadi, M. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Chau, I. / Lourido, S. / Sibley, L.D. / Hui, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hx4.cif.gz | 116.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hx4.ent.gz | 87.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hx4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hx4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 57390.090 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Toxoplasma gondii (eukaryote) / Gene: TGME49_101440, CDPK1 / Plasmid: pET15_mhl / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9BJF5 |
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-Non-polymers , 5 types, 195 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-ANP / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 25 % PEG 3350, 0.2 M LiSO4, Tris-HCl pH 8.0, 2 mM AMPPNP, 2 mM CaCl2, 4 mM MgCl2, 6.25 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 27, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. all: 41316 / Num. obs: 41316 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.046 / Χ2: 1.382 / Net I/σ(I): 31.262 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.92 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.997 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique all: 3740 / Rsym value: 0.842 / Χ2: 0.788 / % possible all: 90.8 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.25 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.801 / SU B: 11.294 / SU ML: 0.147 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU Rfree: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.175 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.63 Å2 / Biso mean: 26.256 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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