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- PDB-2f5t: Crystal Structure of the sugar binding domain of the archaeal tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f5t
タイトルCrystal Structure of the sugar binding domain of the archaeal transcriptional regulator TrmB
要素archaeal transcriptional regulator TrmB
キーワードTRANSCRIPTION / Sugar-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


SH3 type barrels. - #690 / Transcription regulator TrmB, C-terminal / : / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / SH3 type barrels. / Roll ...SH3 type barrels. - #690 / Transcription regulator TrmB, C-terminal / : / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / SH3 type barrels. / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / IMIDAZOLE / : / HTH-type sugar sensing transcriptional regulator TrmB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus litoralis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Krug, M. / Lee, S.J. / Diederichs, K. / Boos, W. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Sugar Binding Domain of the Archaeal Transcriptional Regulator TrmB
著者: Krug, M. / Lee, S.J. / Diederichs, K. / Boos, W. / Welte, W.
履歴
登録2005年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: archaeal transcriptional regulator TrmB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0513
ポリマ－26,6391
非ポリマー4112
水1,892105
1
X: archaeal transcriptional regulator TrmB
ヘテロ分子

X: archaeal transcriptional regulator TrmB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1026
ポリマ－53,2792
非ポリマー8234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area4560 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.857, 56.857, 132.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 archaeal transcriptional regulator TrmB


分子量: 26639.393 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 110-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / プラスミド: pSL152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SF120 / 参照: GenBank: 12018064, UniProt: Q7LYW4*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100mM sodium acetate, 8%(w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.85, 0.978, 0.979, 1.699
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.851
20.9781
30.9791
41.6991
Reflection
IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsD res high (Å)Num. obs% possible obs
18.873471912.32.081646357.9
28.36826012.82.082649893.3
39.6210238413.22.082701195.1
411.2313666112.72.082713195.5
513.6817071212.12.082742896.5
615.9420532011.52.082754497
717.66239715112.082757197
819.1127436010.72.082762697.2
920.5930867210.32.082764497.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
6.239.5385079110.5
4.416.2141873110.5
3.64.41169667.9110.6
3.123.6186763.8110.4
2.793.12202859.8111.7
2.552.79206756.2114.1
2.362.55216654.1116.5
2.212.36223551.6121.6
2.082.21213646.8127.6
6.239.53105998.429.3
4.416.2193399.529.9
3.64.41246698.829.8
3.123.6286898210.4
2.793.12327896.7212.5
2.552.79349194.9216.4
2.362.55371792.8220.1
2.212.36393090.7226.7
2.082.21375682.4236.5
6.239.53106899.339.4
4.416.2193699.739.4
3.64.4124739939.7
3.123.6288198.4310.4
2.793.12330597.5313
2.552.79354996.5317.3
2.362.55381695.3321.4
2.212.36403793.1329.6
2.082.21394686.5340.8
6.239.53106999.349.1
4.416.2194099.949.3
3.64.41247999.349.4
3.123.6288698.6410
2.793.12331197.7412.3
2.552.79356296.8416.3
2.362.55382695.6420
2.212.36405993.6427.7
2.082.21399987.7438.1
6.239.53106999.358.9
4.416.2193999.859
3.64.41248399.459.1
3.123.6289798.959.6
2.793.12333498.4511.7
2.552.79358197.4515.2
2.362.55386096.4518.7
2.212.36411094.8526.1
2.082.21415591.1536.2
6.239.53106999.368.7
4.416.2194099.968.8
3.64.41248599.568.8
3.123.628989969.3
2.793.12333798.5611.1
2.552.79358797.5614.2
2.362.55387696.8617.3
2.212.36414695.6624.3
2.082.21420692.2633.5
6.239.53107099.478.4
4.416.2194099.978.4
3.64.41248399.478.5
3.123.6290199.178.9
2.793.12333898.5710.6
2.552.79359297.7713.5
2.362.55388297716.4
2.212.36415495.8723
2.082.21421192.3731.2
6.239.53107099.488.1
4.416.2194099.988.2
3.64.41248699.688.4
3.123.6290299.188.7
2.793.12334298.6810.4
2.552.79359497.7813.1
2.362.55389097.2815.9
2.212.36416396822.2
2.082.21423992.9830
6.239.53107099.498
4.416.2194099.998
3.64.41248499.598.2
3.123.6290299.198.5
2.793.12334398.6910.1
2.552.79359997.9912.7
2.362.55388697.1915.3
2.212.36416696.1921.4
2.082.21425493.3928.8
反射解像度: 1.45→39.53 Å / Num. obs: 44046 / % possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.540.298.12558236390187.5
1.54-1.60.2914.07425943890197.4
1.6-20.2926.4120751115922198.7
2-30.2955.6421833012120199.9
3-40.2969.22526013020199.9
4-60.2973.39263201603199.9
6-100.2969.186585661100
10-39.530.2956.681896173193

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing dmFOM : 0.8 / FOM acentric: 0.81 / FOM centric: 0.79 / 反射: 5368 / Reflection acentric: 4277 / Reflection centric: 1091
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-19.8420.890.910.87250144106
5.4-8.60.840.850.82752537215
4.3-5.40.870.870.87906712194
3.8-4.30.840.850.82913741172
3.2-3.80.770.790.7215871329258
3-3.20.70.70.68960814146

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.755 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2224 5.1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
all0.164 ---
obs-43989 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 28 105 2011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8221.9722654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.8655240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57824.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.48315356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8261512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2980.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21383
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9561.51206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70321903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7453854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1694.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.19732060
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.9773105
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.65931922
LS精密化 シェル解像度: 1.453→1.491 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 150 -
Rwork0.172 2743 -
obs-2893 89.21 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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