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- PDB-3uxv: Crystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uxv | ||||||
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Title | Crystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with NADP and PreQ | ||||||
![]() | NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / tunneling fold / reductase / cytosol | ||||||
Function / homology | ![]() preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / queuosine biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF from Vibrio cholerae complexed with NADP and PreQ Authors: Kim, Y. / Zhou, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 464.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 399.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 73.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | two dimers in the asymmetric unit; chains A and B and chains C and D |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 33283.262 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C194A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: N16961 / Gene: queF, VCM66_0859 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: C3LTF1, UniProt: Q9KTK0*PLUS, preQ1 synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 843 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/GUN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/GUN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium potassium phosphate pH 6.2, 20 % (w/v) PEG-1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97903 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.56→50 Å / Num. all: 141956 / Num. obs: 141956 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.56→1.59 Å / Redundancy: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5293 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 70.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.303 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.56→30.958 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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