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- PDB-2f3g: IIAGLC CRYSTAL FORM III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f3g
タイトルIIAGLC CRYSTAL FORM III
要素GLUCOSE-SPECIFIC PHOSPHOCARRIER
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE / SIGNAL TRANSDUCTION / PHOSPHOCARRIER
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of carbohydrate metabolic process / regulation of carbohydrate utilization / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PTS EIIA domains phosphorylation site signature 1. / Phosphotransferase system, sugar-specific permease EIIA type 1 / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 1 / PTS_EIIA type-1 domain profile. / Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system glucose-specific EIIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Feese, M. / Comolli, L. / Meadow, N. / Roseman, S. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structural studies of the Escherichia coli signal transducing protein IIAGlc: implications for target recognition.
著者: Feese, M.D. / Comolli, L. / Meadow, N.D. / Roseman, S. / Remington, S.J.
履歴
登録1997年10月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE-SPECIFIC PHOSPHOCARRIER
B: GLUCOSE-SPECIFIC PHOSPHOCARRIER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2842
ポリマ－36,2842
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.040, 70.230, 74.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0515, -0.8642, -0.5006), (-0.9213, -0.1523, 0.3578), (-0.3855, 0.4796, -0.7883)
ベクター: 24.41, 0.21, 62.81)
詳細NONCRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY IS PROBABLY NOT BIOLOGICALLY RELEVANT.

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要素

#1: タンパク質 GLUCOSE-SPECIFIC PHOSPHOCARRIER / EIIA-GLC


分子量: 18141.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: IIAGLC PROTEOLYZED-MISSING 16 N-TERMINAL AMINO ACIDS
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69783, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS, PH 8.5 4 DEGREES
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlprotein1drop
230 %mPEG40001reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年6月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→20 Å / Num. obs: 15616 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036
反射
*PLUS
Num. measured all: 44614

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
UNPUBLISHEDモデル構築
TNT5E精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
UNPUBLISHED位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F3G

1f3g


解像度: 2.13→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V2.1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.169 --
obs-15616 86 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2275 0 0 59 2334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011411221.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.431043
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2114200
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.009642
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.023226
X-RAY DIFFRACTIONt_it6.323061.5
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0342310
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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