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- PDB-3n70: The Crystal Structure of the P-loop NTPase domain of the Sigma-54... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n70
タイトルThe Crystal Structure of the P-loop NTPase domain of the Sigma-54 transport activator from E. coli to 2.8A
要素Transport activator
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Sigma-54 / transport / NTPase / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor binding / phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain / Sigma-54 interaction domain profile. / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Sigma-54 interaction domain / Sigma-54 interaction domain profile. / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transport activator / Transport activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stein, A.J. / Mulligan, R. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the P-loop NTPase domain of the Sigma-54 transport activator from E. coli to 2.8A
著者: Stein, A.J. / Mulligan, R. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transport activator
B: Transport activator
C: Transport activator
D: Transport activator
E: Transport activator
F: Transport activator
G: Transport activator
H: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,85216
ポリマ－133,0848
非ポリマー7698
水905
1
A: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7322
ポリマ－16,6351
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transport activator
C: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4634
ポリマ－33,2712
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7322
ポリマ－16,6351
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7322
ポリマ－16,6351
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
F: Transport activator
G: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4634
ポリマ－33,2712
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Transport activator
G: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4634
ポリマ－33,2712
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
H: Transport activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7322
ポリマ－16,6351
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.612, 77.612, 215.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Transport activator


分子量: 16635.479 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: c5204, pgtA / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8FAN8, UniProt: A0A0H2VDI2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 1.0M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.496
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 31261 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.8-2.93.50.635100
2.9-3.023.60.496100
3.02-3.153.60.348100
3.15-3.323.60.212100
3.32-3.533.60.15100
3.53-3.83.60.097100
3.8-4.183.60.06899.9
4.18-4.793.50.06299.9
4.79-6.033.50.06699.8
6.03-503.50.05399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
BUCCANEER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.8→48.883 Å / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2797 1528 5.3 %
Rwork0.2294 --
obs0.2325 28827 92.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.388 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0611 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.0611 Å20 Å2
3----0.1223 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7101 0 40 5 7146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27910075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3732377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7989-2.89890.32991220.34382446X-RAY DIFFRACTION78
2.8989-3.01490.34611300.32172481X-RAY DIFFRACTION80
3.0149-3.15210.33221400.30312564X-RAY DIFFRACTION82
3.1521-3.31820.35261600.28422652X-RAY DIFFRACTION85
3.3182-3.5260.29711540.27272777X-RAY DIFFRACTION88
3.526-3.7980.27321450.23892789X-RAY DIFFRACTION90
3.798-4.17980.27131520.21422855X-RAY DIFFRACTION92
4.1798-4.78370.21391570.1862897X-RAY DIFFRACTION92
4.7837-6.02330.27061510.22182947X-RAY DIFFRACTION94
6.0233-38.80970.28251580.19352946X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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