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万見
- PDB-2lnx: Solution structure of Vav2 SH2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lnx
タイトルSolution structure of Vav2 SH2 domain
要素Guanine nucleotide exchange factor VAV2
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Azathioprine ADME / epidermal growth factor receptor binding / lamellipodium assembly / regulation of GTPase activity / RHOB GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / regulation of cell size ...immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Azathioprine ADME / epidermal growth factor receptor binding / lamellipodium assembly / regulation of GTPase activity / RHOB GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / regulation of cell size / RHOC GTPase cycle / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / phosphotyrosine residue binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Signal transduction by L1 / VEGFR2 mediated vascular permeability / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / DAP12 signaling / cellular response to xenobiotic stimulus / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / angiogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signal transduction / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VAV2 protein, second SH3 domain / VAV2 protein, first SH3 domain / VAV2, SH2 domain / Vav, PH domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / : / SOS1/NGEF-like PH domain ...VAV2 protein, second SH3 domain / VAV2 protein, first SH3 domain / VAV2, SH2 domain / Vav, PH domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide exchange factor VAV2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wu, B. / Zhang, J. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Identification and structural basis for a novel interaction between Vav2 and Arap3.
著者: Wu, B. / Wang, F. / Zhang, J. / Zhang, Z. / Qin, L. / Peng, J. / Li, F. / Liu, J. / Lu, G. / Gong, Q. / Yao, X. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2012年1月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide exchange factor VAV2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6291
ポリマ－14,6291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide exchange factor VAV2 / VAV-2


分子量: 14628.519 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 659-771 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52735

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HCACO
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D HBHA(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11023D (H)CCH-TOCSY
11123D (H)CCH-COSY
11223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] entity-1, 5 mM DTT-2, 75 mM sodium chloride-3, 5 mM potassium phosphate-4, 20 mM sodium phosphate-5, 1 mM EDTA-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] entity-7, 75 mM sodium chloride-8, 5 mM DTT-9, 5 mM potassium phosphate-10, 20 mM sodium phosphate-11, 1 mM EDTA-12, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity-1[U-13C; U-15N]1
5 mMDTT-21
75 mMsodium chloride-31
5 mMpotassium phosphate-41
20 mMsodium phosphate-51
1 mMEDTA-61
1 mMentity-7[U-13C; U-15N]2
75 mMsodium chloride-82
5 mMDTT-92
5 mMpotassium phosphate-102
20 mMsodium phosphate-112
1 mMEDTA-122
試料状態イオン強度: 120 / pH: 6.2 / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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