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- PDB-2f3c: Crystal structure of infestin 1, a Kazal-type serineprotease inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f3c
タイトルCrystal structure of infestin 1, a Kazal-type serineprotease inhibitor, in complex with trypsin
要素
  • Cationic trypsin
  • thrombin inhibitor infestin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease - inhibitor complex / Kazal-type domain / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine protease inhibitor Kazal-type 4-like / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...Serine protease inhibitor Kazal-type 4-like / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine protease 1 / Thrombin inhibitor infestin
類似検索 - 構成要素
生物種Triatoma infestans (カメムシ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Campos, I.T.N. / Tanaka, A.S. / Barbosa, J.A.R.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The Kazal-type inhibitors infestins 1 and 4 differ in specificity but are similar in three-dimensional structure.
著者: Campos, I.T. / Souza, T.A. / Torquato, R.J. / De Marco, R. / Tanaka-Azevedo, A.M. / Tanaka, A.S. / Barbosa, J.A.R.G.
履歴
登録2005年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月20日Group: Database references
改定 1.42017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Cationic trypsin
I: thrombin inhibitor infestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8097
ポリマ－29,3852
非ポリマー4245
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.993, 62.692, 67.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cationic trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-243 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質 thrombin inhibitor infestin


分子量: 6060.617 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-55 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triatoma infestans (カメムシ) / プラスミド: pIC 3.1.3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): H003 / 参照: GenBank: 14211145, UniProt: Q95P16*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月18日
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.501→46.127 Å / Num. all: 8984 / Num. obs: 8955 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 %
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / % possible all: 98.1

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.465 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.446
最高解像度最低解像度
Rotation5 Å36.06 Å
Translation5 Å36.06 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1AN1 and 2ERW

1an1

2erw


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 19.125 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.135 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: SIMULATED ANNEALING WAS PERFORMED WITH THE CNS SOFTWARE IN THE FIRST CYCLE OF REFINEMENT. TLS APPLIED USING EACH PROTEIN MOLECULE AS AN INDIVIDUAL GROUP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 424 4.7 %RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.174 8948 --
obs-8948 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 21 91 2064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9572735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0285264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.76325.83372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18115311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.263153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21377
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.511.51339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93822112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5353758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3924.5623
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 36 -
Rwork0.241 589 -
obs-625 97.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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