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- PDB-2ewg: T. brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Minodronate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewg
タイトルT. brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Minodronate
要素farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / Protein-Bisphosphonate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M0N / S-1,2-PROPANEDIOL / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Cao, R. / Mao, J. / Gao, Y. / Robinson, H. / Odeh, S. / Goddard, A. / Oldfield, E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Solid-state NMR, crystallographic, and computational investigation of bisphosphonates and farnesyl diphosphate synthase-bisphosphonate complexes.
著者: Mao, J. / Mukherjee, S. / Zhang, Y. / Cao, R. / Sanders, J.M. / Song, Y. / Zhang, Y. / Meints, G.A. / Gao, Y.G. / Mukkamala, D. / Hudock, M.P. / Oldfield, E.
履歴
登録2005年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: farnesyl pyrophosphate synthase
B: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,97013
ポリマ－88,9512
非ポリマー1,01811
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

B: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

B: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,94026
ポリマ－177,9034
非ポリマー2,03722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area18920 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area55060 Å2
手法PISA
3
A: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0237
ポリマ－44,4761
非ポリマー5476
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
B: farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9476
ポリマ－44,4761
非ポリマー4715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.981, 118.098, 63.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-6293-

HOH

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要素

#1: タンパク質 farnesyl pyrophosphate synthase


分子量: 44475.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86C09, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-M0N / (1-HYDROXY-2-IMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-3-YLETHANE-1,1-DIYL)BIS(PHOSPHONIC ACID) / MINODRONATE / 1-HYDROXY-2-(5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-3-YL)ETHANE-1,1-DIYLDIPHOSPONIC ACID / (1-HYDROXY-2-IMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-3-YL-ETHYLIDENE)-1,1-BISPHOSPHONIC ACID / ミノドロン酸


分子量: 322.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 277.15 K / pH: 5.75
詳細: 20% Ethylene Glycol, 0.1 Ammonium Acetate, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 123.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→30 Å / Num. obs: 30546 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.48→30 Å / Num. parameters: 20023 / Num. restraintsaints: 24754 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 1446 5 %RANDOM
all0.2411 28936 --
obs0.242 -90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 6273
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5876 0 61 330 6267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0181
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.59 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.266 1216
Rwork0.239 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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