+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ewg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T. brucei Farnesyl Diphosphate Synthase Complexed with Minodronate | ||||||
![]() | farnesyl pyrophosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Protein-Bisphosphonate complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cao, R. / Mao, J. / Gao, Y. / Robinson, H. / Odeh, S. / Goddard, A. / Oldfield, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solid-state NMR, crystallographic, and computational investigation of bisphosphonates and farnesyl diphosphate synthase-bisphosphonate complexes. 著者: Mao, J. / Mukherjee, S. / Zhang, Y. / Cao, R. / Sanders, J.M. / Song, Y. / Zhang, Y. / Meints, G.A. / Gao, Y.G. / Mukkamala, D. / Hudock, M.P. / Oldfield, E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 131.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44475.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q86C09, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / pH: 5.75 詳細: 20% Ethylene Glycol, 0.1 Ammonium Acetate, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123.2 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→30 Å / Num. obs: 30546 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 79.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.48→30 Å / Num. parameters: 20023 / Num. restraintsaints: 24754 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 6273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.48→2.59 Å /
|