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- PDB-1u7p: X-ray Crystal Structure of the Hypothetical Phosphotyrosine Phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u7p
タイトルX-ray Crystal Structure of the Hypothetical Phosphotyrosine Phosphatase MDP-1 of the Haloacid Dehalogenase Superfamily
要素magnesium-dependent phosphatase-1
キーワードHYDROLASE / HAD superfamily / phosphoryl transfer / phosphotyrosine phosphatase / aspartate nucleophile / enzyme evolution / structural enzymology / class III
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Magnesium-dependent phosphatase-1, eukaryotic/archaeal-type / Acid Phosphatase / Magnesium-dependent phosphatase-1, eukaryotic-type / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Magnesium-dependent phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Peisach, E. / Selengut, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: X-ray Crystal Structure of the Hypothetical Phosphotyrosine Phosphatase MDP-1 of the Haloacid Dehalogenase Superfamily
著者: Peisach, E. / Selengut, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: MDP-1: A novel eukaryotic magnesium-dependent phosphatase
著者: Selengut, J.D. / Levine, R.L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: MDP-1 is a new and distinct member of the haloacid dehalogenase family of aspartate-dependent phosphohydrolases
著者: Selengut, J.D.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of bacillus cereus phosphonoacetaldehyde hydrolase: insight into catalysis of phosphorus bond cleavage and catalytic diversification within the HAD enzyme superfamily
著者: Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2004年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: magnesium-dependent phosphatase-1
B: magnesium-dependent phosphatase-1
C: magnesium-dependent phosphatase-1
D: magnesium-dependent phosphatase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,01410
ポリマ－74,4214
非ポリマー5936
水7,494416
1
A: magnesium-dependent phosphatase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8773
ポリマ－18,6051
非ポリマー2722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: magnesium-dependent phosphatase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6292
ポリマ－18,6051
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: magnesium-dependent phosphatase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8773
ポリマ－18,6051
非ポリマー2722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: magnesium-dependent phosphatase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6292
ポリマ－18,6051
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.524, 57.651, 76.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質
magnesium-dependent phosphatase-1 / MDP-1


分子量: 18605.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: AF230273 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9D967
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8
詳細: PEG 3350, sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 8.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月19日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS, NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→76.58 Å / Num. obs: 48167 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.0485 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HIGH RESOLUTION MODEL OF MDP-1 WITHOUT MAGNESIUM BOUND

解像度: 1.9→76.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 908245.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 4380 10.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 43298 91.5 %-
all-47331 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5318 Å2 / ksol: 0.337413 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7 Å20 Å20.67 Å2
2---3.78 Å20 Å2
3----5.92 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→76.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5212 0 14 416 5642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.052.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 651 10.2 %
Rwork0.259 5754 -
obs--81.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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