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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eux | ||||||
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タイトル | Structure of a Ndt80-DNA complex (MSE VARIANT vA4G) | ||||||
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![]() | CELL CYCLE/DNA / BETA-BARREL / IG-FOLD TRANSCRIPTION FACTOR / CELL CYCLE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Principles of Protein-DNA Recognition Revealed in the Structural Analysis of Ndt80-MSE DNA Complexes. 著者: Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4282.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 1 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4277.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 2 |
#3: タンパク質 | 分子量: 39590.527 Da / 分子数: 1 / Fragment: NDT80 DNA-binding domain / Mutation: s146g, i200t / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NDT80 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 400, 50 mM bis-tris-propane pH 7.0, 100 mM NaCl, 50 mM CaCl2, and 1 mM DTT. 1:1 Molar ratio protein:DNA, protein at 10mg/ml , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月14日 / 詳細: MIRROR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.072158 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.57→38.44 Å / Num. all: 59499 / Num. obs: 59499 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 8.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1MNN - MINUS DNA AT SEQUENCE CHANGES AND 1 BASEPAIR ADJACENT TO THOSE CHANGES 解像度: 1.57→35.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.354 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.395 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→35.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20 /
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