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万見
- PDB-3ah1: HA1 subcomponent of botulinum type C progenitor toxin complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ah1
タイトルHA1 subcomponent of botulinum type C progenitor toxin complexed with N-acetylneuramic acid
要素Main hemagglutinin component
キーワードTOXIN / beta trefoil / hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-neuraminic acid / Main hemagglutinin component type C / Main hemagglutinin component type C
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nakamura, T. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Yuzawa, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Sugar-binding sites of the HA1 subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin
著者: Nakamura, T. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Yuzawa, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007
タイトル: Binding properties of Clostridium botulinum type C progenitor toxin to mucins
著者: Nakamura, T. / Takada, N. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. / Oguma, K. / Nishikawa, A.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Cell internalization and traffic pathway of Clostridium botulinum type C neurotoxin in HT-29 cells
著者: Uotsu, N. / Nishikawa, A. / Watanabe, T. / Ohyama, T. / Tonozuka, T. / Sakano, Y. / Oguma, K.
履歴
登録2010年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年4月28日ID: 2EHI
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Main hemagglutinin component
B: Main hemagglutinin component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0865
ポリマ－68,1582
非ポリマー9283
水4,864270
1
A: Main hemagglutinin component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6973
ポリマ－34,0791
非ポリマー6192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Main hemagglutinin component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3882
ポリマ－34,0791
非ポリマー3091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.320, 61.722, 82.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Main hemagglutinin component / HA1 subcomponent of botulinum type C progenitor toxin / hemagglutinin component HA1 / HA 33 kDa subunit / HA1


分子量: 34078.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: type C / プラスミド: pMAL-2X FLAG-HA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P46084, UniProt: P0DPR0*PLUS
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% ethanol, 1.7M sodium chloride, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 32592 / Num. obs: 32591 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 3038 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QXM

1qxm


解像度: 2.2→46.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1876143.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 3249 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 32591 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.6112 Å2 / ksol: 0.377516 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.23 Å20 Å2-2.19 Å2
2--2.68 Å20 Å2
3---1.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4763 0 63 270 5096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.742.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 508 10.3 %
Rwork0.228 4439 -
obs--86.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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