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- PDB-2ejf: Crystal Structure Of The Biotin Protein Ligase (Mutations R48A an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ejf
タイトルCrystal Structure Of The Biotin Protein Ligase (Mutations R48A and K111A) and Biotin Carboxyl Carrier Protein Complex From Pyrococcus Horikoshii OT3
要素
  • 149aa long hypothetical methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain
  • 235aa long hypothetical biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
キーワードLIGASE / Biotinylation / Dimer / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Transcriptional repressor, C-terminal / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. ...: / Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Transcriptional repressor, C-terminal / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / SH3 type barrels. - #100 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / BIOTIN / 235aa long hypothetical biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase / 149aa long hypothetical methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bagautdinov, B. / Matsuura, Y. / Bagautdinova, S. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Protein biotinylation visualized by a complex structure of biotin protein ligase with a substrate
著者: Bagautdinov, B. / Matsuura, Y. / Bagautdinova, S. / Kunishima, N.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 235aa long hypothetical biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
B: 235aa long hypothetical biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
C: 149aa long hypothetical methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain
D: 149aa long hypothetical methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,24910
ポリマ－67,8904
非ポリマー1,3606
水7,368409
1
A: 235aa long hypothetical biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
C: 149aa long hypothetical methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7015
ポリマ－33,9452
非ポリマー7563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 235aa long hypothetical biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
D: 149aa long hypothetical methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5485
ポリマ－33,9452
非ポリマー6043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.849, 63.117, 75.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 235aa long hypothetical biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase / BPL


分子量: 25959.305 Da / 分子数: 2 / 変異: R48A/K111A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: bpl / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)RIL / 参照: UniProt: O57883
#2: タンパク質 149aa long hypothetical methylmalonyl-CoA decarboxylase gamma chain / BCCP


分子量: 7985.457 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 77-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: bccp / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)RIL / 参照: UniProt: O59021

-
非ポリマー , 4種, 415分子

#3: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#4: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.96
詳細: 10.5w/v(%) PEG 20000, 0.1M Acet, NaOH, pH 4.96, microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.62 Å / Num. obs: 42136 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3935 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2E64 AND 2D5D

2e64

2d5d


解像度: 2→37.62 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2090 -RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 42136 95.6 %-
all-44059 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.33 Å20 Å2-1.82 Å2
2---3.13 Å20 Å2
3----0.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4631 0 91 409 5131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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