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Yorodumi- PDB-5f23: Crystal structure of NH(3)-dependent NAD(+) synthetase Pseudomona... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f23 | ||||||
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Title | Crystal structure of NH(3)-dependent NAD(+) synthetase Pseudomonas aeruginosa in complex with NAD | ||||||
Components | NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / Pseudomonas / NAD / NAD(+) / synthethase / nadE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of NH(3)-dependent NAD(+) synthetase Pseudomonas aeruginosa in complex with NAD Authors: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f23.cif.gz | 129.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f23.ent.gz | 97.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f23.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f23 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xfdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30762.803 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / Gene: nadE, PA4920 / Plasmid: PsaeA.00025.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9HUP3, NAD+ synthase |
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#2: Chemical | ChemComp-NAD / |
#3: Chemical | ChemComp-MES / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Morpheus screen, e1: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550; 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5; PsaeA. ...Details: Morpheus screen, e1: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550; 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5; PsaeA.00025.a.B1.PW37555 at 23.5 mg/ml; 5 h soak with 5mM NAD; cryo: direct; tray 258195e1, puck hml20-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: RIGAKU VARIMAX / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. all: 43281 / Num. obs: 42621 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 14.76 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 31.81 / Num. measured all: 432740 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4xfd, apo structure Resolution: 1.5→49.712 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.18 Å2 / Biso mean: 24.9943 Å2 / Biso min: 10.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→49.712 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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