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- PDB-5f23: Crystal structure of NH(3)-dependent NAD(+) synthetase Pseudomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f23
タイトルCrystal structure of NH(3)-dependent NAD(+) synthetase Pseudomonas aeruginosa in complex with NAD
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードLIGASE / NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / Pseudomonas / NAD / NAD(+) / synthethase / nadE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / NAD+ biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of NH(3)-dependent NAD(+) synthetase Pseudomonas aeruginosa in complex with NAD
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6213
ポリマ－30,7631
非ポリマー8592
水4,810267
1
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2436
ポリマ－61,5262
非ポリマー1,7174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.870, 41.190, 64.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-589-

HOH

31A-662-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 30762.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: nadE, PA4920 / プラスミド: PsaeA.00025.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUP3, NAD+ synthase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus screen, e1: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550; 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5; PsaeA. ...詳細: Morpheus screen, e1: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550; 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5; PsaeA.00025.a.B1.PW37555 at 23.5 mg/ml; 5 h soak with 5mM NAD; cryo: direct; tray 258195e1, puck hml20-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月20日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 43281 / Num. obs: 42621 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 14.76 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 31.81 / Num. measured all: 432740
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.545.20.9450.3494.4415297320329520.38692.2
1.54-1.580.9370.3325.2617052311829290.36393.9
1.58-1.630.9580.2746.9320973297029120.29498
1.63-1.680.9810.2238.3323360292228720.23898.3
1.68-1.730.990.18110.224025286928370.19298.9
1.73-1.790.9940.14612.3623609271427070.15599.7
1.79-1.860.9960.12214.8924494267926670.12999.6
1.86-1.940.9980.09319.0824522255525510.09899.8
1.94-2.020.9990.07125.3423922240024000.075100
2.02-2.120.9990.05632.9924610237423680.05999.7
2.12-2.240.9990.04939.0223782222722270.052100
2.24-2.370.9990.04344.4523076213621270.04599.6
2.37-2.540.9990.0449.5822225197019620.04299.6
2.54-2.740.9990.03656.4522100188018710.03899.5
2.74-310.03461.9921308170216970.03699.7
3-3.3510.03270.9621146155515500.03399.7
3.35-3.8710.02887.0622289137913770.02999.9
3.87-4.7410.028105.2724452117411710.02999.7
4.74-6.7110.03104.31198469229170.03199.5
6.7110.032104.3106525325270.03399.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_2236)位相決定
PHENIX(dev_2236)精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4xfd, apo structure

4xfd


解像度: 1.5→49.712 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1799 2066 4.85 %Random selection
Rwork0.1384 40548 --
obs0.1404 42614 98.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.18 Å2 / Biso mean: 24.9943 Å2 / Biso min: 10.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→49.712 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1982 0 56 271 2309
Biso mean--23.75 33.8 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8992985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5131336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.53490.25251300.17062537X-RAY DIFFRACTION92
1.5349-1.57330.2011240.1572553X-RAY DIFFRACTION94
1.5733-1.61590.19821490.14562633X-RAY DIFFRACTION98
1.6159-1.66340.2021290.13682659X-RAY DIFFRACTION98
1.6634-1.71710.211290.13352696X-RAY DIFFRACTION99
1.7171-1.77850.2051430.12982733X-RAY DIFFRACTION100
1.7785-1.84970.19511420.13282702X-RAY DIFFRACTION100
1.8497-1.93390.25671120.13622772X-RAY DIFFRACTION100
1.9339-2.03590.18621460.12132699X-RAY DIFFRACTION100
2.0359-2.16340.16481610.12622713X-RAY DIFFRACTION100
2.1634-2.33040.18291340.12372729X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.5650.20441470.13932766X-RAY DIFFRACTION100
2.565-2.93610.19111450.14872733X-RAY DIFFRACTION100
2.9361-3.6990.16561270.14252786X-RAY DIFFRACTION100
3.699-500.14531480.14092837X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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