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万見
- PDB-2egn: Crystal Structure of Tamalin PDZ Domain in Complex with mGluR5 C-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2egn
タイトルCrystal Structure of Tamalin PDZ Domain in Complex with mGluR5 C-terminal Peptide
要素
  • General receptor for phosphoinositides 1-associated scaffold protein
  • mGluR5 C-terminal peptide
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ domain / peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / PDZ domain binding / small GTPase binding / postsynaptic membrane / postsynaptic density / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General receptor for phosphoinositides 1-associated scaffold protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sugi, T. / Oyama, T. / Muto, T. / Nakanishi, S. / Morikawa, K. / Jingami, H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin: implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regulation
著者: Sugi, T. / Oyama, T. / Muto, T. / Nakanishi, S. / Morikawa, K. / Jingami, H.
履歴
登録2007年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General receptor for phosphoinositides 1-associated scaffold protein
B: mGluR5 C-terminal peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1232
ポリマ－11,1232
非ポリマー00
水18010
1
A: General receptor for phosphoinositides 1-associated scaffold protein
B: mGluR5 C-terminal peptide

A: General receptor for phosphoinositides 1-associated scaffold protein
B: mGluR5 C-terminal peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2474
ポリマ－22,2474
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)75.610, 75.610, 80.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 General receptor for phosphoinositides 1-associated scaffold protein / GRP1-associated scaffold protein / Tamalin / 95 kDa postsynaptic density protein discs-large ZO-1 ...GRP1-associated scaffold protein / Tamalin / 95 kDa postsynaptic density protein discs-large ZO-1 domain-containing protein / PSD-95 PDZ domain-containing protein


分子量: 10643.935 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 変異: C135A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: brain / プラスミド: pGEX4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8R4T5
#2: タンパク質・ペプチド mGluR5 C-terminal peptide


分子量: 479.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
解説: PDZ domain-mGluR5 gene co-expressed as C-terminus fusion protein in E.coli.
Plasmid details: the author genetically fused the DNA sequence encoding the mGluR5 C-terminus to the DNA sequence that encodes the PDZ domain.
プラスミド: pGEX4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M trisodium citrate dihydrogen, 1.0M ammonium dihydrogen phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 4277 / Num. obs: 4125 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Num. unique all: 686

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EGO

2ego


解像度: 2.4→37.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Data cutoff high absF: 215411.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 538 7.2 %RANDOM
Rwork0.259 ---
all-4250 --
obs-4125 86.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.404994 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.45 Å20 Å20 Å2
2--36.8 Å20 Å2
3----16.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.58 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-1.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数646 0 0 10 656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it02.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.076 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.596 62 6.7 %
Rwork0.599 857 -
obs--64.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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