[日本語] English
万見
- PDB-2e3d: Crystal structure of E. coli glucose-1-phosphate uridylyltransferase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e3d
タイトルCrystal structure of E. coli glucose-1-phosphate uridylyltransferase
要素UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / UDP-glucose / carbohydrate / pyrophosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


osmoregulated periplasmic glucan biosynthetic process / colanic acid biosynthetic process / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase, bacterial/archaeal-type / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The molecular architecture of glucose-1-phosphate uridylyltransferase
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2006年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
C: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
D: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9214
ポリマ－131,9214
非ポリマー00
水14,160786
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12460 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area44250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.900, 109.300, 100.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / UDPGP / Alpha-D-glucosyl-1-phosphate uridylyltransferase / Uridine ...UDP-glucose pyrophosphorylase / UDPGP / Alpha-D-glucosyl-1-phosphate uridylyltransferase / Uridine diphosphoglucose pyrophosphorylase


分子量: 32980.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12/W3110 / 遺伝子: galU / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3)
参照: UniProt: P0AEP3, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.0 M ammomium sulfate, 0.2M lithium chloride, 0.1M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月12日 / 詳細: Montel
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 106815 / Num. obs: 106815 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 7817 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
TNT精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
PROTEUM PLUSデータ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.95→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 10623 -random
Rwork0.198 ---
all0.202 106815 --
obs0.202 106815 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.584 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8656 0 0 786 9442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る