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- PDB-2ux8: Crystal Structure of Sphingomonas elodea ATCC 31461 Glucose-1- ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ux8
タイトルCrystal Structure of Sphingomonas elodea ATCC 31461 Glucose-1- phosphate uridylyltransferase in Complex with glucose-1-phosphate.
要素GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / UGPG / GALU PYROPHOSPHORYLASE / GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase, bacterial/archaeal-type / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SPHINGOMONAS ELODEA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Aragao, D. / Fialho, A.M. / Marques, A.R. / Frazao, C. / Sa-Correia, I. / Mitchell, E.P.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: The Complex of Sphingomonas Elodea Atcc 31461 Glucose-1-Phosphate Uridylyltransferase with Glucose-1-Phosphate Reveals a Novel Quaternary Structure, Unique Among Nucleoside Diphosphate- ...タイトル: The Complex of Sphingomonas Elodea Atcc 31461 Glucose-1-Phosphate Uridylyltransferase with Glucose-1-Phosphate Reveals a Novel Quaternary Structure, Unique Among Nucleoside Diphosphate-Sugar Pyrophosphorylase Members.
著者: Aragao, D. / Fialho, A.M. / Marques, A.R. / Mitchell, E.P. / Sa-Correia, I. / Frazao, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallisation and Preliminary Structure Determination of Glucose- 1-Phosphate Uridylyltransferase (Ugpg) Bound to Glucose-1-Phosphate from Sphingomonas Elodea Atcc31461
著者: Aragao, D. / Marques, A.R. / Frazao, C. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A. / Fialho, A.M. / Sa-Correia, I. / Mitchell, E.P.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年3月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 17-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 18-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 16-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 17-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
B: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
C: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
D: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
E: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
F: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
G: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
H: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,79316
ポリマ－257,7128
非ポリマー2,0818
水2,864159
1
A: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
B: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
C: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
D: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8968
ポリマ－128,8564
非ポリマー1,0414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
F: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
G: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
H: GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8968
ポリマ－128,8564
非ポリマー1,0414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.600, 85.700, 151.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE


分子量: 32213.961 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CO-CRYSTALLISED WITH GLUCOSE-1-PHOSPHATE
由来: (組換発現) SPHINGOMONAS ELODEA (バクテリア)
プラスミド: PUGPG2 BASED ON PWH844 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q5FYV5, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 糖
ChemComp-G1P / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose / グルコ-ス-1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS RECOMBINANT PLASMID CARRIES THE UGPG GENE PRECEDED BY A SEQUENCE CODING FOR SIX HISTIDINE ...THIS RECOMBINANT PLASMID CARRIES THE UGPG GENE PRECEDED BY A SEQUENCE CODING FOR SIX HISTIDINE RESIDUES FOLLOWED BY TWO RESIDUES, A GLYCINE AND A SERINE, BEFORE THE INITIATING METHIONINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH=4.6, 15% PEGMME, 5MM G1P, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97564, 1.13980
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月12日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.975641
21.13981
反射解像度: 2.65→102 Å / Num. obs: 85566 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.67 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.65→74.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 884457.43 / Isotropic thermal model: B-GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
詳細: DIFFERENT NCS RESTRAINS USED FOR MAIN-CHAINS AND FOR SIDE-CHAINS. GROUP B-FACTOR REFINEMENT DOES NOT ALLOW NCS RESTRAINS. DISORDERED REGIONS WERE NOT INCLUDED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1992 2.6 %SHELLS
Rwork0.245 ---
obs0.245 76179 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 45.5985 Å2 / ksol: 0.351613 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.01 Å20 Å2-6.83 Å2
2---5.13 Å20 Å2
3---0.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→74.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16661 0 128 159 16948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.84
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINS / Rms dev position: 2 Å / Weight position: 10
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.77 Å / Total num. of bins used: 39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 492 0.246 %
Rwork0.346 1500 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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