+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ikz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | UDP-glucose pyrophosphorylase from acinetobacter baumanii | ||||||
![]() | UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / UDP-glucose pyrophosphorylase from acinetobacter baumanii | ||||||
Function / homology | ![]() UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-glucose metabolic process / biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, J.H. / Kang, L.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: UTP-bound UGPase from acinetobacter baumanii Authors: Kang, L.W. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 124.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 94.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 760 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 768.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5j49S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 31665.459 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q286L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: galU, B9X91_19205, CBI29_00108, CSB70_3798, DVA79_14980 Plasmid: pET11a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: X2KZJ9, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 17 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/UTP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/UTP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-PPV / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-UTP / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.19 % / Mosaicity: 0.547 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: evaporation / pH: 7.5 Details: 1.5M Ammonium citrate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.13 and 0.1M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 2, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 42093 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 3.258 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 499943 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5J49 Resolution: 2.33→37.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 11.946 / SU ML: 0.258 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.266 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 239.57 Å2 / Biso mean: 56.089 Å2 / Biso min: 31.81 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.33→37.98 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.331→2.391 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|