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- PDB-2dqt: High resolution crystal structure of the complex of the hydrolyti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dqt
タイトルHigh resolution crystal structure of the complex of the hydrolytic antibody Fab 6D9 and a transition-state analog
要素(IMMUNOGLOBULIN 6D9) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / CATALYTIC ANTIBODY / ESTER HYDROLYSIS / ESTEROLYTIC / FAB / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CPD / If kappa light chain / Ig heavy chain V region 914
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kristensen, O. / Vassylyev, D.G. / Tanaka, F. / Ito, N. / Morikawa, K. / Fujii, I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Thermodynamic and structural basis for transition-state stabilization in antibody-catalyzed hydrolysis
著者: Oda, M. / Ito, N. / Tsumuraya, T. / Suzuki, K. / Sakakura, M. / Fujii, I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Site-directed mutagenesis of active site contact residues in a hydrolytic abzyme: evidence for an essential histidine involved in transition state stabilization
著者: Miyashita, H. / Hara, T. / Tanimura, R. / Fukuyama, S. / Cagnon, C. / Kohara, A. / Fujii, I.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995
タイトル: Correlation between Antigen-Combining-Site Structures and Functions within a Panel of Catalytic Antibodies Generated against a Single Transition State Analog
著者: Fujii, I. / Tanaka, F. / Miyashita, H. / Tanimura, R. / Kinoshita, K.
#3: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis: Transition State Complex of a Chloramphenicol Prodrug Activation Specific Catalytic Antibody
著者: Kristensen, O. / Miyashita, H. / Vassylyev, D.G. / Tanaka, F. / Fujii, I. / Morikawa, K.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1994
タイトル: A common ancestry for multiple catalytic antibodies generated against a single transition-state analog
著者: Miyashita, H. / Hara, T. / Tanimura, R. / Tanaka, F. / Kikuchi, M. / Fujii, I.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1994
タイトル: A common ancestry for multiple catalytic antibodies generated against a single transition-state analog
著者: Miyashita, H. / Hara, T. / Tamimura, R. / Tanaka, F. / Kikuchi, M. / Fujii, I.
#6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1993
タイトル: Prodrug activation via catalytic antibodies
著者: Miyashita, H. / Karaki, Y. / Kikuchi, M. / Fujii, I.
#7: ジャーナル: To be Published
タイトル: Thermodynamic and Structural Analyses of Hydrolytic Mechanism by Catalytic Antibodies
著者: Oda, M. / Ito, N. / Tsumuraya, T. / Suzuki, K. / Fujii, I.
履歴
登録2006年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2006年6月20日ID: 1HYX
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN 6D9
H: IMMUNOGLOBULIN 6D9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9793
ポリマ－48,2362
非ポリマー7431
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.906, 61.662, 66.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN 6D9 / CATALYTIC ANTIBODY 6D9


分子量: 24101.729 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 6D9 MURINE-MURINE HYBRIDOMA / Secretion: ASCITES FLUID / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN 6D9 / CATALYTIC ANTIBODY 6D9


分子量: 24134.154 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 6D9 MURINE-MURINE HYBRIDOMA / Secretion: ASCITES FLUID / 参照: UniProt: P18527*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CPD / [1-(3-DIMETHYLAMINO-PROPYL)-3-ETHYL-UREIDO]-[4-(2,2,2-TRIFLUORO-ACETYLAMINO)-BENZYL]PHOSPHINIC ACID-2-(2,2-DIHYDRO-ACETYLAMINO)-3-HYDROXY-1-(4-NITROPHENYL)-PROPYL ESTER


分子量: 743.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H36Cl2F3N6O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
解説: THE MAIN DATA WAS COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD, AND MERGED WITH DATA COLLECTED ON A DIP100 DETECTOR AT A WAVELENGTH OF 1.5418 A.
結晶化pH: 8.3
詳細: THE PRE-FORMED COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 17% PEG 4000, 50MM TRIS, 0.1MM EDTA, PH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→6 Å / Num. obs: 28513 / % possible obs: 69 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 4.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / % possible all: 44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータスケーリング
タンパク質データ削減
X-PLORモデル構築
CNS1.1精密化
WEISデータ削減
タンパク質データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IGF

2igf


解像度: 1.8→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 633464.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 3055 11.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 27402 69 %-
all-27402 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 88.9272 Å2 / ksol: 0.62315 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å2-0.16 Å2
2--3.89 Å20 Å2
3----3.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 48 158 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 274 10 %
Rwork0.336 2471 -
obs--40.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3cpd.parcpd.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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