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- PDB-2dp3: Crystal structure of a double mutant (C202A/A198V) of Triosephosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dp3
タイトルCrystal structure of a double mutant (C202A/A198V) of Triosephosphate isomerase from giardia lamblia
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / GIARDIA / ENZYME / ALPHA/BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (真核生物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Diaz, A. / Reyes-Vivas, H. / Lopez-Velazquez, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Disulfide Bridges in the Mesophilic Triosephosphate Isomerase from Giardia lamblia Are Related to Oligomerization and Activity
著者: Reyes-Vivas, H. / Diaz, A. / Peon, J. / Mendoza-Hernandez, G. / Hernandez-Alcantara, G. / De la Mora-De la Mora, I. / Enriquez-Flores, S. / Dominguez-Ramirez, L. / Lopez-Velazquez, G.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: An unusual triosephosphate isomerase from the early divergent eukaryote Giardia lamblia
著者: Lopez-Velazquez, G. / Molina-Ortiz, D. / Cabrera, N. / Peon-Peralta, J. / Reyes-Vivas, H.
履歴
登録2006年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3205
ポリマ－27,9361
非ポリマー3844
水5,459303
1
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,64110
ポリマ－55,8722
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.371, 100.443, 118.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis:

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27936.176 Da / 分子数: 1 / 変異: C202A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia intestinalis (真核生物) / 株: WB STRAIN / 遺伝子: gltim / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYS / 参照: UniProt: P36186, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 5microL of C202A (13mg/mL) dissolved in 100mM triethanolamine, 10mM EDTA, mixed with 5microL of 2M ammonium sulfate,5% isopropanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.65 Å / Num. obs: 18609 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 2875 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1tcd, 1lyx, 1m6j

1tcd

1lyx

1m6j


解像度: 2.1→28.65 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.181 955 RANDOM
Rwork0.175 --
all-19773 -
obs-18608 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.05 Å21.07 Å21.98 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati sigma a obs: 0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1939 0 20 303 2262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.74
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.009
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166 340 -
Rwork0.171 --
obs-2895 98.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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