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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dp3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a double mutant (C202A/A198V) of Triosephosphate isomerase from giardia lamblia | ||||||
![]() | Triosephosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / GIARDIA / ENZYME / ALPHA/BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Diaz, A. / Reyes-Vivas, H. / Lopez-Velazquez, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Disulfide Bridges in the Mesophilic Triosephosphate Isomerase from Giardia lamblia Are Related to Oligomerization and Activity 著者: Reyes-Vivas, H. / Diaz, A. / Peon, J. / Mendoza-Hernandez, G. / Hernandez-Alcantara, G. / De la Mora-De la Mora, I. / Enriquez-Flores, S. / Dominguez-Ramirez, L. / Lopez-Velazquez, G. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2004 タイトル: An unusual triosephosphate isomerase from the early divergent eukaryote Giardia lamblia 著者: Lopez-Velazquez, G. / Molina-Ortiz, D. / Cabrera, N. / Peon-Peralta, J. / Reyes-Vivas, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27936.176 Da / 分子数: 1 / 変異: C202A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: WB STRAIN / 遺伝子: gltim / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5microL of C202A (13mg/mL) dissolved in 100mM triethanolamine, 10mM EDTA, mixed with 5microL of 2M ammonium sulfate,5% isopropanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→28.65 Å / Num. obs: 18609 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique all: 2875 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1tcd, 1lyx, 1m6j 解像度: 2.1→28.65 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati sigma a obs: 0.09 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.009
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