ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | X-PLOR | 3.8 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NKR 解像度: 3→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.309 | - | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.219 | - | - | - |
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obs | - | 4997 | 92 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 51.4 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1526 | 0 | 0 | 29 | 1555 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.01 | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg2 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d26.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.219 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 51.4 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.01 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg2 | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg26.5 | | | | |
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