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- PDB-2d7c: Crystal structure of human Rab11 in complex with FIP3 Rab-binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d7c
タイトルCrystal structure of human Rab11 in complex with FIP3 Rab-binding domain
要素
  • Rab11 family-interacting protein 3
  • Ras-related protein Rab-11A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTP-ase / coiled-coil / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / protein localization to cleavage furrow / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome membrane / establishment of protein localization to organelle / negative regulation of adiponectin secretion / postsynaptic recycling endosome ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / protein localization to cleavage furrow / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome membrane / establishment of protein localization to organelle / negative regulation of adiponectin secretion / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of cilium assembly / regulation of protein transport / presynaptic endosome / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / protein transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / positive regulation of cilium assembly / melanosome transport / multivesicular body assembly / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to cilium / endocytic recycling / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / syntaxin binding / dynein light intermediate chain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / exocytosis / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / endocytic vesicle / mitotic spindle assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / intercellular bridge / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / multivesicular body / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / small GTPase binding / centriolar satellite / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / synaptic vesicle membrane / G protein activity / midbody / cytoplasmic vesicle / vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / molecular adaptor activity / endosome / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / calcium ion binding / centrosome / GTP binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Rab11-FIP3-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases ...: / Rab11-FIP3-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / EF-hand domain pair / Rab subfamily of small GTPases / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Rab11 family-interacting protein 3 / Ras-related protein Rab-11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Shiba, T. / Koga, H. / Shin, H.W. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Nakayama, K. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for Rab11-dependent membrane recruitment of a family of Rab11-interacting protein 3 (FIP3)/Arfophilin-1.
著者: Shiba, T. / Koga, H. / Shin, H.W. / Kawasaki, M. / Kato, R. / Nakayama, K. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2005年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-11A
B: Ras-related protein Rab-11A
C: Rab11 family-interacting protein 3
D: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2139
ポリマ－47,9234
非ポリマー1,2905
水7,386410
1
A: Ras-related protein Rab-11A
C: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7045
ポリマ－23,9622
非ポリマー7433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-11A
D: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5094
ポリマ－23,9622
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.717, 120.565, 36.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11


分子量: 18871.107 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 7-173 / 変異: Q70L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質・ペプチド Rab11 family-interacting protein 3 / Rab11-FIP3 / EF hands-containing Rab-interacting protein / Eferin


分子量: 5090.523 Da / 分子数: 2 / 断片: Rab-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75154

-
非ポリマー , 4種, 415分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% iso-propanol, 3% (w/v) PEG 4000, 0.05M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A10.9789, 0.9793, 0.9600
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年10月5日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年10月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.97931
30.961
411
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 49404 / Num. obs: 49356 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→40 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2457 -RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.203 49404 --
obs0.203 49090 99.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 78 410 3844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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