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- PDB-4ht4: Molecular Basis of Vancomycin Resistance Transfer in Staphylococc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ht4 | ||||||
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Title | Molecular Basis of Vancomycin Resistance Transfer in Staphylococcus aureus | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | Hydrolase/DNA / vancomycin resistance plasmid / DNA relaxase / S. aureus / conjugative transfer / DNA hairpin / Hydrolase-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Edwards, J.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular basis of antibiotic multiresistance transfer in Staphylococcus aureus. Authors: Edwards, J.S. / Betts, L. / Frazier, M.L. / Pollet, R.M. / Kwong, S.M. / Walton, W.G. / Ballentine, W.K. / Huang, J.J. / Habibi, S. / Del Campo, M. / Meier, J.L. / Dervan, P.B. / Firth, N. / Redinbo, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 66.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 50.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 432.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
-Protein / DNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23069.264 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F25Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 8640.568 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: oriT DNA hairpin |
-Non-polymers , 4 types, 29 molecules ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-NI / | ||||
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#4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 16% PEG 8,000, 120 mM calcium acetate, 80 mM sodium cacolydate, and 20% glycerol v/v , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH ANOMALOUS / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 20.3 % / Av σ(I) over netI: 47.95 / Number: 179546 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.15 / D res high: 2.9 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 8865 / % possible obs: 97.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.9→100 Å / Num. obs: 8865 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.15 / Net I/σ(I): 11.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.36 Å2 / Biso mean: 75.774 Å2 / Biso min: 27.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.907→48.509 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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