+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mx2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of ClpP1 from Clostridium difficile 630. | ||||||
Components | ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Casinolytic protease Tetradecamer Clostridium difficule | ||||||
Function / homology | Function and homology information endopeptidase Clp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridioides difficile 630 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Lavey, N.P. / Thomas, L.M. / Duerfeldt, A.S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of ClpP1 from Clostridium difficile 630. Authors: Lavey, N.P. / Thomas, L.M. / Duerfeldt, A.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mx2.cif.gz | 496.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6mx2.ent.gz | 406.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mx2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mx2_validation.pdf.gz | 546.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6mx2_full_validation.pdf.gz | 561.9 KB | Display | |
Data in XML | 6mx2_validation.xml.gz | 90.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6mx2_validation.cif.gz | 123.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mx2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3qwdS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 21318.598 Da / Num. of mol.: 14 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridioides difficile 630 (bacteria) Strain: 630 / Gene: clpP1, clpP, CD630_33050 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JK10 / References: UniProt: Q180F0, endopeptidase Clp #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.53 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 / Details: 2.4 M Sodium Malonate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1.12 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.12 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→35 Å / Num. obs: 109969 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.248 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 460705 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3QWD Resolution: 2.5→34.898 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.93
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.38 Å2 / Biso mean: 30.4022 Å2 / Biso min: 11.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→34.898 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|