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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2crx | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE HOLLIDAY JUNCTION INTERMEDIATE IN CRE-LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION | ||||||
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![]() | HYDROLASE / LIGASE/DNA / CRE RECOMBINASE / HOLLIDAY JUNCTION / RECOMBINATION / RECOMBINASE-DNA COMPLEX / LIGASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gopaul, D.N. / Guo, F. / Vanduyne, G.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Holliday junction intermediate in Cre-loxP site-specific recombination. 著者: Gopaul, D.N. / Guo, F. / Van Duyne, G.D. #1: ![]() タイトル: Structure of Cre Recombinase Complexed with DNA in a Site-Specific Recombination Synapse 著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 10759.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 38595.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: P1-like viruses / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50MM ACETATE BUFFER PH 5.0, 25% MPD, 200MM NACL, 20MM CACL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→27.3 Å / Num. obs: 38807 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.83 % / Biso Wilson estimate: 65.5 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 91 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.248 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: 1CRX 解像度: 2.5→27.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.344 |