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- PDB-1pvp: BASIS FOR A SWITCH IN SUBSTRATE SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pvp
タイトルBASIS FOR A SWITCH IN SUBSTRATE SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED VARIANT OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, ALSHG BOUND TO THE ENGINEERED RECOGNITION SITE LOXM7
要素
  • (34-MER) x 2
  • Recombinase cre
キーワードRECOMBINATION/DNA / Cre / recombinase / DNA / CRE-LOXP RECOMBINATION / RECOMBINATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal ...: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / DNA / DNA (> 10) / Recombinase cre
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage P1 (ファージ)
Escherichia virus P1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Baldwin, E.P. / Martin, S.S. / Abel, J. / Gelato, K.A. / Kim, H. / Schultz, P.G. / Santoro, S.W.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003
タイトル: A specificity switch in selected cre recombinase variants is mediated by macromolecular plasticity and water.
著者: Baldwin, E.P. / Martin, S.S. / Abel, J. / Gelato, K.A. / Kim, H. / Schultz, P.G. / Santoro, S.W.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Directed evolution of the site specificity of Cre recombinase.
著者: Santoro, S.W. / Schultz, P.G.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Modulation of the active complex assembly and turnover rate by protein-DNA interactions in Cre-LoxP recombination.
著者: Martin, S.S. / Chu, V.C. / Baldwin, E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The order of strand exchanges in Cre-LoxP recombination and its basis suggested by the crystal structure of a Cre-LoxP Holliday junction complex.
著者: Martin, S.S. / Pulido, E. / Chu, V.C. / Lechner, T.S. / Baldwin, E.P.
履歴
登録2003年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月1日Group: Other
改定 2.02021年4月7日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 2.12023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 34-MER
D: 34-MER
A: Recombinase cre
B: Recombinase cre


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4304
ポリマ－99,4304
非ポリマー00
水4,612256
1
C: 34-MER
D: 34-MER
A: Recombinase cre
B: Recombinase cre

C: 34-MER
D: 34-MER
A: Recombinase cre
B: Recombinase cre


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,8618
ポリマ－198,8618
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)107.780, 121.470, 180.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the tetrameric biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y+1, -z+1.

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要素

#1: DNA鎖 34-MER


分子量: 10469.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TOP STRAND OF LOXM7 ENGINEERED DNA SUBSTRATE (LOXP(C7/G28,T8/A27,A9/T26)
由来: (合成) Escherichia virus P1 (ウイルス) / 参照: GenBank: M10145
#2: DNA鎖 34-MER


分子量: 10438.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: BOTTOM STRAND OF LOXM7 ENGINEERED DNA SUBSTRATE (LOXP(C7/G28,T8/A27,A9/T26)
由来: (合成) Escherichia virus P1 (ウイルス) / 参照: GenBank: M10494
#3: タンパク質 Recombinase cre


分子量: 39260.875 Da / 分子数: 2 / Mutation: I174A,T258L,R259S,E262H,E266G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cre site-specific recombinase mutant (I174A, T258L, R259S, E262H, E266G)
由来: (組換発現) Escherichia phage P1 (ファージ) / 属: P1-like viruses / 遺伝子: cre / プラスミド: PET28B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06956
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: Sodium Acetate, Calcium Chloride, 2,4-methylpentanediol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Acetate11
2Calcium Chloride11
32,4-methylpentanediol11
4H2O11
5Sodium Acetate12
6Calcium Chloride12
72,4-methylpentanediol12
8H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 21-25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Martin, S.S., (2002) J.Mol.Biol., 319, 107. / PH range low: 5.5 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
135-45 mg/mlprotein1drop
225 mMsodium acetate1reservoir
340 mM1reservoirNaCl
420 mM1reservoirCaCl2
522.5 %ALSHG/LoxM71reservoirpH5.75
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月13日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→81 Å / Num. obs: 46927 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4289 / % possible all: 88
反射
*PLUS
% possible obs: 95 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1KBU

1kbu


解像度: 2.35→5 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1916 -RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 40013 95 %-
all-44309 --
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5053 1348 0 256 6657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2
精密化
*PLUS
最低解像度: 5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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