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- PDB-3c28: Crystal structure of the product synapse complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c28
タイトルCrystal structure of the product synapse complex
要素
  • LoxP DNA, chain C
  • LoxP DNA, chain D
  • Recombinase cre
キーワードrecombination/DNA / Synaptic complex / DNA integration / DNA recombination / recombination-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal ...: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Recombinase cre
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteriophage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ghosh, K. / Van Duyne, G.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Detailed study on Synapsis in Cre-loxP recombination reaction
著者: Ghosh, K. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: LoxP DNA, chain C
D: LoxP DNA, chain D
A: Recombinase cre
B: Recombinase cre


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7224
ポリマ－93,7224
非ポリマー00
水5,837324
1
C: LoxP DNA, chain C
D: LoxP DNA, chain D
A: Recombinase cre
B: Recombinase cre

C: LoxP DNA, chain C
D: LoxP DNA, chain D
A: Recombinase cre
B: Recombinase cre


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,4448
ポリマ－187,4448
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area38690 Å2
ΔGint-169.3 kcal/mol
Surface area67470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.254, 122.453, 178.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 LoxP DNA, chain C


分子量: 10470.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: LoxP DNA from Phage P1
#2: DNA鎖 LoxP DNA, chain D


分子量: 10439.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: LoxP DNA from Phage P1
#3: タンパク質 Recombinase cre


分子量: 36405.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage P1 (ファージ) / 遺伝子: cre / 参照: UniProt: P06956
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: MPD, SODIUM ACETATE, CALCIUM Chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2SODIUM ACETATE11
3CALCIUM Chloride11
4MPD12
5SODIUM ACETATE12
6CALCIUM Chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月10日 / 詳細: Monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 41399 / Num. obs: 41399 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.323 / Num. unique all: 3363 / Χ2: 0.602 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
精密化開始モデル: 1CRX

1crx


解像度: 2.6→40.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 11.842 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.521 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1871 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.228 36885 99.95 %-
all-35014 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4884 1394 0 324 6602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216523
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3642.2249087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95239962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.055607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.55422.213244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.76515897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.771567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.24630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.23015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23093
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2610.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7431.53963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.071.51250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80724855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17334520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9314.54232
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 151 -
Rwork0.357 2518 -
all-2669 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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