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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4crx
タイトルASYMMETRIC DNA-BENDING IN THE CRE-LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION SYNAPSE
要素
  • DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)
  • PROTEIN (CRE RECOMBINASE)
キーワードPROTEIN/DNA / CRE RECOMBINASE / DNA BENDING / RECOMBINATION / PROTEIN-DNA INTERACTION / PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal ...: / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Recombinase cre
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Asymmetric DNA bending in the Cre-loxP site-specific recombination synapse.
著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / Van Duyne, G.D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Structure of Cre recombinase complexed with DNA in a site-specific recombination synapse.
著者: Guo, F. / Gopaul, D.N. / van Duyne, G.D.
履歴
登録1999年4月20日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)
D: DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)
A: PROTEIN (CRE RECOMBINASE)
B: PROTEIN (CRE RECOMBINASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2754
ポリマ－94,2754
非ポリマー00
水8,521473
1
C: DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)
D: DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)
A: PROTEIN (CRE RECOMBINASE)
B: PROTEIN (CRE RECOMBINASE)

C: DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)
D: DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)
A: PROTEIN (CRE RECOMBINASE)
B: PROTEIN (CRE RECOMBINASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,5518
ポリマ－188,5518
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)108.800, 122.100, 181.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (35 NUCLEOTIDE CRE RECOGNITION SITE)


分子量: 10759.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (CRE RECOMBINASE)


分子量: 36377.695 Da / 分子数: 2 / Mutation: R173K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
属: P1-like viruses / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06956
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5 / 詳細: 20MM ACETATE PH 5.0 35% MPD 20MM CACL2
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.013 mMprotein1drop
20.01 mMloxS site1drop
320 mMsodium acetate1drop
420 mM1dropCaCl2
51 mMdithiothreitol1drop
625 %(v/v)MPD1drop
720 mMsodium acetate1reservoir
820 mM1reservoirCaCl2
935 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9188
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→32.3 Å / Num. obs: 55807 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 75.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.6 % / Rmerge(I) obs: 0.261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CRX

1crx


解像度: 2.2→32.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2789 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 55807 91.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0 Å0 Å
Luzzati d res low-0 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5098 1428 0 473 6999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.11.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it62
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.42.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 293 5 %
Rwork0.338 5308 -
obs--75.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLN.A.
X-RAY DIFFRACTION4N.A.N.A.
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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