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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ces | ||||||
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タイトル | Beta-glucosidase from Thermotoga maritima in complex with glucoimidazole | ||||||
![]() | BETA-GLUCOSIDASE A | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / INHIBITOR / TRANSITION STATE MIMIC / FAMILY 1 / GLUCOIMIDAZOLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gloster, T.M. / Roberts, S. / Vasella, A. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural, Kinetic, and Thermodynamic Analysis of Glucoimidazole-Derived Glycosidase Inhibitors. 著者: Gloster, T.M. / Roberts, S. / Perugino, G. / Rossi, M. / Moracci, M. / Panday, N. / Terinek, M. / Vasella, A. / Davies, G.J. #1: ![]() タイトル: Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics. 著者: Gloster, T.M. / Meloncelli, P. / Stick, R.V. / Zechel, D. / Vasella, A. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 444 / Label seq-ID: 25 - 466
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.011, -0.99, -0.138), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53940.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE CRYSTALLIZED CONTAINS A HIS TAG FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE CO-ORDINATES ARE NUMBERED ...SEQUENCE CRYSTALLIZ | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: STRUCTURE ISOMORPHOUS WITH STARTING MODEL |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 15% PEG 4K, 0.1M IMIDAZOLE, PH 7 0.2 M CALCIUM ACETATE, 25% ETHYLENE GLYCOL AS CRYO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月14日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.065 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 55897 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.36 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.03 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.26 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OD0 解像度: 2.15→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.707 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→72.55 Å
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拘束条件 |
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