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- PDB-4ptw: Halothermothrix orenii beta-glucosidase A, 2-deoxy-2-fluoro-gluco... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ptw | ||||||
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Title | Halothermothrix orenii beta-glucosidase A, 2-deoxy-2-fluoro-glucose complex | ||||||
![]() | Glycoside hydrolase family 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / (beta/alpha)8 fold / TIM barrel / glycoside hydrolase / beta-glucosidase | ||||||
Function / homology | ![]() scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hassan, N. / Nguyen, T.H. / Kori, L.D. / Patel, B.K.C. / Haltrich, D. / Divne, C. / Tan, T.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis. Authors: Hassan, N. / Nguyen, T.H. / Intanon, M. / Kori, L.D. / Patel, B.K. / Haltrich, D. / Divne, C. / Tan, T.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 367.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 299.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ptvC ![]() 4ptxC ![]() 3ta9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 52285.539 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: sodium cacodylate, sodium acetate, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2012 / Details: Toroidal focusing mirror |
Radiation | Monochromator: channel cut ESRF monochromator, Si(111) crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.93935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→47.781 Å / Num. all: 64629 / Num. obs: 64629 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.3 % / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / Redundancy: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 8644 / Rsym value: 1.31 / % possible all: 98.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3TA9 Resolution: 2→47.78 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→47.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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