[日本語] English
万見
- PDB-4gxp: Chimeric Family 1 beta-glucosidase made with non-contiguous SCHEMA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gxp
タイトルChimeric Family 1 beta-glucosidase made with non-contiguous SCHEMA
要素Beta-glucosidase Chimeric protein
キーワードHYDROLASE / chimeragenesis / protein recombination / eukaryotic-prokaryotic chimera / GH1 / beta-glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucosidase / Beta-glucosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
Trichoderma reesei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Smith, M.A. / Romero, P.A. / Wu, T. / Brustad, E.M. / Arnold, F.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Chimeragenesis of distantly-related proteins by noncontiguous recombination.
著者: Smith, M.A. / Romero, P.A. / Wu, T. / Brustad, E.M. / Arnold, F.H.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase Chimeric protein
B: Beta-glucosidase Chimeric protein
C: Beta-glucosidase Chimeric protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,0793
ポリマ－159,0793
非ポリマー00
水362
1
A: Beta-glucosidase Chimeric protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0261
ポリマ－53,0261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-glucosidase Chimeric protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0261
ポリマ－53,0261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-glucosidase Chimeric protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0261
ポリマ－53,0261
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.377, 115.377, 282.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

-
要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase Chimeric protein / Beta-D-glucoside glucohydrolase / Cellobiase / Gentiobiase


分子量: 53026.301 Da / 分子数: 3
断片: UNP Q08638 residues 1-160,204-217,352-380,395-446 and UNP O93785 residues 160-302,221-367,399-413
変異: Y120F,W134L,A135L,H378Y,Q336A,S337M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア), (組換発現) Trichoderma reesei (菌類)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: bglA, bgl2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08638, UniProt: O93785, beta-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% polyethylene glycol 3350, 0.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月5日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→37.43 Å / Num. all: 43376 / Num. obs: 43376 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3-3.164.80.38120.381199.6
3.16-3.355.30.2423.10.242199.8
3.35-3.5950.1435.10.143199.8
3.59-3.875.10.097.80.09199.8
3.87-4.2450.0689.30.068199.8
4.24-4.744.70.05111.80.051199.8
4.74-5.484.90.04414.20.044199.5
5.48-6.714.80.03716.70.037199.7
6.71-9.494.70.0319.20.03199.3
9.49-37.4294.60.02523.10.025197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
MOLREP(CCP4 6.2)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→37.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 59.565 / SU ML: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.788 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29377 2188 5.1 %RANDOM
Rwork0.2389 ---
obs0.24164 41124 99.47 %-
all-43315 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 130.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20.25 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9867 0 0 2 9869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01910181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.90813956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.70851360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35223.124461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.927151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0291555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 165 -
Rwork0.324 2841 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1616-0.14340.40360.65950.06842.247-0.1284-0.2135-0.2314-0.29650.29220.0707-0.5830.0078-0.16381.0373-0.19240.01571.67350.06671.22912.408213.14721.653
21.52170.50580.41150.2503-0.05441.11510.0939-0.0877-0.3299-0.030.03790.0836-0.020.3401-0.13170.53530.1706-0.10122.1206-0.05151.292923.4516-16.507337.1928
31.770.1145-0.45930.4556-0.56871.52250.18581.2683-0.08640.2211-0.49170.2006-0.21360.89980.30590.2353-0.0802-0.053.4640.3040.866362.05360.177916.4891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 466
2X-RAY DIFFRACTION1A501
3X-RAY DIFFRACTION2B11 - 466
4X-RAY DIFFRACTION2B501
5X-RAY DIFFRACTION3C11 - 467

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る