PDB-1oim: Family 1 b-glucosidase from Thermotoga maritima

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oim

タイトル

Family 1 b-glucosidase from Thermotoga maritima

要素

BETA-GLUCOSIDASE A

キーワード

HYDROLASE / GLUCOSIDE HYDROLYSIS / FAMILY GH1 / ENZYME / DEOXYNOJIRIMYCIN

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Gloster, T. / Zechel, D.L. / Boraston, A.B. / Boraston, C.M. / Macdonald, J.M. / Tilbrook, D.M. / Stick, R.V. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases
著者: Zechel, D.L. / Boraston, A.B. / Gloster, T. / Boraston, C.M. / Macdonald, J.M. / Tilbrook, D.M. / Stick, R.V. / Davies, G.J.

履歴

登録	2003年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oim.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oim.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1od0SC 1oifC 1oinC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5idi-2 2j7g-2 2j7h-2 5n6t-1 1oif-1 2z1s-d 2wc4-2 2wc4-1 2j7e-2 2o9p-d 2jie-d 2j7c-2 3ahy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-GLUCOSIDASE A

B: BETA-GLUCOSIDASE A

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-GLUCOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BETA-GLUCOSIDASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.688, 94.473, 113.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	1 - 446
2	1	1	3	B	1 - 446

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99952, -0.02596, 0.01718), (0.02609, 0.99963, -0.00783), (-0.01697, 0.00827, 0.99982)
ベクター: -0.62059, -0.60239, 0.40546)

#1: タンパク質	BETA-GLUCOSIDASE A / GENTIOBIASE / CELLOBIASE / BETA-D-GLUCOSIDE GLUCOHYDROLASE 分子量: 53940.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q08638, beta-glucosidase
#2: 化合物	ChemComp-NOJ / 1-DEOXYNOJIRIMYCIN / MORANOLINE / 1-デオキシノジリマイシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CATALYTIC ACTIVITY: RELEASE OF BETA-D-GLUCOSE DURING HYDROLYSIS OF TERMINAL, NON-REDUCING BETA-D- ...CATALYTIC ACTIVITY: RELEASE OF BETA-D-GLUCOSE DURING HYDROLYSIS OF TERMINAL, NON-REDUCING BETA-D-GLUCOSE RESIDUES PATHWAY: CELLULOSE DEGRADATION.
配列の詳細	A1,2,233 B213,307 POOR OR MISSING DENSITY THE FULL LENGTH PROTEIN ALSO CONTAINS A HIS-TAG FROM THE ...A1,2,233 B213,307 POOR OR MISSING DENSITY THE FULL LENGTH PROTEIN ALSO CONTAINS A HIS-TAG FROM THE PET28A CLONING VECTOR. NUMBERING OF THE PROTEIN AGREES WITH THE SWISSPROT ENTRY AND IGNORES THE HIS-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: STRUCTURE ISOMORPHOUS WITH STARTING ENTRY

結晶化

pH: 7
詳細: 10MG/ML PROTEIN IN 15% PEG 4K, 0.2 M CAAC, 0.1M IMIDAZOLE PH7, pH 7.00

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10 mg/ml	enzyme	1	drop
2	50 mM	imidazole	1	drop	pH7.
3	15 %	PEG4000	1	reservoir
4	0.2 M		1	reservoir		CaAc2
5	0.1 M	imidazole	1	reservoir	pH7.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9392
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9392 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 207372 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.73 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 24.82
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.39 % / R_merge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / % possible all: 98.9
反射	PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs*: 0.051
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs*: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OD0

1od0

解像度: 2.15→72.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 5.663 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2831	5.1 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	52990	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→72.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7120	0	22	493	7635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	7372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.921	10031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.261	5	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.723	1.5	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.377	2	7047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.232	3	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.448	4.5	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1764	tight positional	0.07	0.05
1715	loose positional	0.28	5
1764	tight thermal	0.34	0.5
1715	loose thermal	2.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.29	200
R_work	0.246	3859

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.23 / R_factor R_work: 0.19

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.27

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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